Realtime-PCR的包
实时定量PCR在生物医学以及检测行业有很广泛的应用。本文给大家推荐一个pcr package,用来求基因表达的相对定量表达水平。
用excel打开原始ct1.csv数据文件,如下图,前六行为brain样本,设置为对照组control;后六行为kidney样本,设置为实验组treatment。
如何通过pcr包求得c_myc在kidney中的相对表达量?
读取后ct1数据如下
输出result结果如图
如上图所示,与brain组(control)相比,c_myc在kidney组(treatment)的相对表达量为5.63倍。
输出plot_result结果如图
显著性差异检验
输出tst1结果如下
如上图可知p_value
写在最后,excel也可以算出c_myc在kidney的相对表达量,下图是我用ps标注的如何获得各个值。算出的相对表达值也是5.63。
数据下载
ct1.csv 数据文件以及qPCR-excel计算高清图我已经上传到百度云盘了,下载链接:链接:https://pan.baidu.com/s/1jKo64YnUMTSI9_36hLZxFw 密码:dcfa
请关注“恒诺新知”微信公众号,感谢“R语言“,”数据那些事儿“,”老俊俊的生信笔记“,”冷🈚️思“,“珞珈R”,“生信星球”的支持!