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      • R-Genomic coordination的富集性分析

      R-Genomic coordination的富集性分析

      • 发布者 weinfoauthor
      • 分类 未分类
      • 日期 2019年10月21日
      • 评论 0评论

      在《CS7:Genomic coordination的富集性分析(1)》说到了seq2pathway这个包,其实是两部曲,seq2gene->gene2pathway,无非是把测序片段用临近的基因注释,包括和TSS overlap的基因,宿主基因,上下游的基因等,然后拿这些基因跑ORA,做富集,仅此而已,这个包支持的物种极有限,《CS4:关于ChIPseq注释的几个问题》这一文中讲到ChIPseeker支持所有有基因组注释的物种,而《clusterProfiler for enrichment analysis》也支持所有物种(即使你自己跑的电子注释,也能支持),那么使用ChIPseeker来做基因注释,然后衔接clusterProfiler就可以支持所有物种的测序片段进行功能富集分析了。

      《CS3: peak注释》本身就支持几种注释,另外我写了一个seq2gene的函数,套用seq2pathway的思路,把一个基因位置上所有关联的基因全部返回来,我们可以使用它去把基因位置信息转换成基因列表,然后用于富集分析,还是熟悉的味道,还是熟悉的配方?

      library(ChIPseeker)
      library(clusterProfiler)
      
      library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)
      txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
      
      
      bedfile=getSampleFiles()
      seq=lapply(bedfile, readPeakFile)
      genes=lapply(seq, function(i) 
          seq2gene(i, c(-1000, 3000), 3000, TxDb=txdb))
      
      cc = compareCluster(geneClusters = genes, 
                 fun="enrichKEGG", organism="hsa")
      
      dotplot(cc, showCategory=10)
      

      img

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