R语言——绘图之Gene Ontology图
Gene Ontology 即基因本体(GO)是一个在生物信息学领域中广泛使用的概念,它涵盖生物学的三个方面:生物过程(Biological process,BP)、细胞组分(cellular component,CC)、分子功能(Molecular function,MF)。
GO图在很多生物医学sci文章中都有展示,今天给大家展示其中呈现方式,柱状图,先看看效果图:
下面开始进入今天的学习内容
用excel打开go.csv文件,看看go数据概况(这里啰嗦一下我每次写推文尽量都是先展示我们要处理的原始文件的数据框架,方便大家拓展至其它专业方向待处理的数据集,而不是仅仅拘泥于此GO数据)。该文件的框架如下:
如上图所示,我们今天要处理的18个go term, 前六行BP term,中间六行CC term,最后6行MF term。
怎么用柱形图展示GO三组分类,且每一个条目(Term)的Gene Count数?
即可得到最终图形:
由此画出的图是可以放在sci论文中的
测试文件go.csv文件已经上传到百度网盘,链接:https://pan.baidu.com/s/1zPbuI35zvR5PYJm4LWhBxw 密码:b042
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