R语言-热图(heatmap)
今天收到邮件我的另一篇纯生信小文章已经online了。
热图是一种数据矩阵的图形表示方式,其中矩阵中各个值用颜色呈现,可以表示样本或者基因的聚类关系,以及值的大小。
先用excel打开今天要处理的数据test1.csv,看看该数据矩阵(matrix)的基本结构形式,方便了解后续操作,其中的数据是我下载的经过转化的以Log2 ratio values呈现的基因表达值。
如上图excel展示的可知,有Control样本20个,Treatment样本25个,时间序列有0,1,3,8,24weeks五个时间点。
怎么用热图呈现这些基因表达值的聚类关系以及以及表达量高低?
如果install.packages()函数安装失败,请看此推文R语言绘制散点图中的另一个靠谱安装各种第三方包的方法。
即可得到如下图:
至此基因的热图已经绘制完毕,图中能够呈现样本间的聚类,以及基因表达量的聚类情况,聚类方法可以在help中查看hclust函数。
测试文件test1.csv已上传到百度云,链接:链接:https://pan.baidu.com/s/1JQLVH6fJCmT_XFgdoj6fWg 密码:fm7x
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