R语言-热图(heatmap)

今天收到邮件我的另一篇纯生信小文章已经online了。

热图是一种数据矩阵的图形表示方式，其中矩阵中各个值用颜色呈现，可以表示样本或者基因的聚类关系，以及值的大小。

先用excel打开今天要处理的数据test1.csv，看看该数据矩阵（matrix）的基本结构形式，方便了解后续操作，其中的数据是我下载的经过转化的以Log2 ratio values呈现的基因表达值。

如上图excel展示的可知，有Control样本20个，Treatment样本25个，时间序列有0，1，3，8，24weeks五个时间点。

怎么用热图呈现这些基因表达值的聚类关系以及以及表达量高低？

如果install.packages()函数安装失败，请看此推文R语言绘制散点图中的另一个靠谱安装各种第三方包的方法。

即可得到如下图：

至此基因的热图已经绘制完毕，图中能够呈现样本间的聚类，以及基因表达量的聚类情况，聚类方法可以在help中查看hclust函数。

测试文件test1.csv已上传到百度云，链接：链接:https://pan.baidu.com/s/1JQLVH6fJCmT_XFgdoj6fWg 密码:fm7x