R语言——折线图展示qPCR的相对表达量
用excel打开查看原始ct1_1.csv数据文件,如下图,1-3行为肝正常细胞样本(normal);4-6行为肝癌细胞样本(HCC);7-9行为 加药处理的HCC细胞样本(HCC_Drug)。ACTB为内参基因,其余12个为目的基因。
如何通过pcr包求得12个基因分别在HCC,HCC_Drug组中的相对表达量,**并通过折线图展示?**
输出ct1_1数据如下:
输出Final_result结果如下:
如上图Final_result结果所示,与normal组相比,BIRC5**分别**在HCC组,HCC_Drug组的相对表达量为1.96,13.69倍。其它11个基因各自的表达量也一目了然。
现在提取Final_result的数据用来作柱状图
前面的步骤与方法都与上一篇推文多组别-多基因的mRNA表达量的计算与作图的步骤一样,只有下面?部分代码函数的参数不一样,仔细看,增加了colour,group参数等,以及geom_line()函数做折线图,相关函数的参数可以在Rstudio的help菜单输入相关函数即可查询。
最终展示各个基因在不同组的表达情况的折线图如下:
测试数据是上一篇推文的ct1_1.csv,下载地址百度云盘:链接:https://pan.baidu.com/s/13–f3YBQajo3ZNuA6l9PuQ 密码:l3eu
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