R语言作图——Violin plot

参考： https://www.jianshu.com/p/4ca5dbb9a239

Step1. 绘图数据的准备
首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式。
一般我们的数据都是保存在excel文档里，这里建议大家在excel中保存成csv格式，读写的速度会比xlsx快很多。（小仙同学的亲身经验，我的有些数据有两万行，xlsx在我的耐心范围内读不进去，RStudio崩溃）。
数据的格式如下图：一列表示一种变量，第一行是列名

Step2. 绘图数据的读取

 data<-read.csv(“your file path”, header = T) #注释：header=T表示数据中
 的第一行是列名，如果没有列名就用header=F

Step3.绘图所需package的安装、调用

 install.package(“ggplot2”)  #注释：ggplot2是目前公认绘图很强的一个安装包
 library(ggplot2)                   #注释：package在使用之前需要调用

Step4.绘图

data$dose <- as.factor(data$dose)  #注释：此处dose可用你的变量名称替换，$表示取数据集里的某一个元素

p<-ggplot(data, aes(x = dose, y = len)) #注释：”x=”，”y=”表示x轴和y轴表示的变量数值，p表示图像对象
p+geom_violin() #注释：画出violin plot的函数

Step5.美化

p+geom_violin(aes(fill = dose)) #注释:按组别填充不同的颜色 

*如果你想手动改变颜色，可以使用这一句

p+geom_violin(aes(fill = "dose"))+scale_fill_manual(values=c("#56B4E9")) #注释：”#56B4E9”可以用其他颜色的代码来替换</font>