研究所用的61名I期LUAD患者配对的肿瘤和邻近正常组织来自台湾的台中退伍军人综合医院，所有患者均接受治疗手术，无辅助治疗。然后，分离、提取了这些组织的线粒体DNA并进行双端测序。
作者从cBioPortal、ICGC和已发表的文章收集了多种癌型的体细胞和生殖系突变，肺癌样本的临床数据以及LUAD的核基因组突变数据下载自GDC。
首先用MALDI-TOF MS检测了EGFR突变，然后PCR扩增含有EGFR基因的区域，并用检测探针进行单核苷酸扩增，接下来进行MALDI-TO FMS分析。突变频率 =（突变型height)/(突变型height+野生型height）×100，height由Type4软件计算所得，对每个样品进行2至4次重复，并使用平均突变频率。
对于获得的测序数据，作者利用FastQC进行质量评估，通过NGSQCToolkit过滤掉低质量的读段，然后用BWA将高质量的读段比对到人类线粒体Cambridge参考序列(考虑了D-loop区域)，并用SAMtools将结果转换成BAM文件。Picard-Tools’MarkDuplicates模块被用来去除PCR和光学重复，GATK-Haplotype caller用来识别生殖系突变，贝叶斯分类器结合intoGATK-Mutect2用来识别体细胞突变，PhyMer用于从正常组织的测序数据中识别单倍体，突变注释及预测用的是Variant Effect Predictor，最后，通路信息来源于KEGG。
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