Nomogram（诺莫图） | Logistic、Cox生存分析结果可视化

参考：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIyNDI1MzgzOQ==&mid=2650394284&idx=1&sn=3349931a956ad6039772ad4aadd248b4&chksm=f01cac4cc76b255acd1ef286a02e9be0c785fd24aa1a0cb9299ef0f31faa59597026f325b218&scene=21#wechat_redirect

Nomogram，也被称为诺莫图或者列线图，在医学领域的期刊出现频率越来愈多，常用于评估肿瘤学和医学的预后情况，可将Logistic回归或Cox回归的结果进行可视化呈现。

数据准备

使用TCGA-LIHC队列的临床数据，简单处理后进行示例分析：

## 载入R包
library(rms)
library(survival)

## 读取LIHC数据
LIHC <- read.csv("TCGA-LIHC-nomogram.csv",header=TRUE)
head(LIHC)

绘制nomogram图

1 打包数据

关键步骤：按照nomogram要求“打包”数据

#可以输入??datadist查看详细说明
dd=datadist(LIHC)
options(datadist="dd")

2 构建logist模型,绘制诺莫图

## 构建logist模型,绘制诺莫图

f1 <- lrm(status ~ age + gender + grade , data =  LIHC)

nom <- nomogram(f1, fun=plogis, lp=F, funlabel="Risk")

plot(nom)

3 构建COX模型,绘制诺莫图

A ：COX回归中位生存时间的Nomogram

## 构建COX比例风险模型
f2 <- psm(Surv(time,status) ~ age+gender+grade,data =  LIHC, dist='lognormal')

med <- Quantile(f2) # 计算中位生存时间
surv <- Survival(f2) # 构建生存概率函数

## 绘制COX回归中位生存时间的Nomogram图
nom <- nomogram(f2, fun=function(x) med(lp=x),funlabel="Median Survival Time")

plot(nom)

简单介绍下使用，比如某患者年龄为50岁，那就在列线图年龄为50岁的地方向上画一条垂直线，即可得到其对应的得分（Points）；男性，则在男性的地方画一条垂直线，以此类推，找出每个变量状态下对应的得分，相加得到总得分。

最后将患者的总得分（Total Points）再向下画一条垂直线，就可以知道该患者对应的中位生存时间。

下面例子同，可以知道未来1年、5年的生存率，当然也可以是其他时间节点。

B：绘制COX回归生存概率的Nomogram图

## LIHC数据的time是以”天“为单位,此处绘制1年，5年的生存概率
nom <- nomogram(f2, fun=list(function(x) surv(365, x),
                            function(x) surv(1825, x),
                            function(x) med(lp=x)),
                            funlabel=c("1-year Survival Probability", "5-year Survival Probability","Median Survival Time"))
plot(nom, xfrac=.2)