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      • LDheatmap|SNP连锁不平衡图(LD)可视化,倒三角图?

      LDheatmap|SNP连锁不平衡图(LD)可视化,倒三角图?

      • 发布者 weinfoauthor
      • 分类 未分类
      • 日期 2020年5月8日
      • 评论 0评论

      连锁不平衡图,用来可视化不同SNP之间的连锁程度,前同事间俗称“倒三角”图,。

      本文使用自己的数据,因为安装R包后使用内置数据集运行出结果较容易,但是自己的数据就可能会有一些不大不小的“坑”,我替你们趟了。。。

      一 载入R包 数据

      数据为内置CEUData保存后,进行了“细微”的处理(去掉SNP碱基之间的“/”),因为这种基因型形式文件很常见;

      library("LDheatmap")
      #读入数据
      SNP <- read.csv("CEUSNP.csv",header = TRUE)
      pos <- read.csv("CEUDist.csv",header= TRUE)
      #查看数据
      head(pos)
      SNP[1:4,1:4]

      二 绘制连锁不平衡图

      2.1 直接绘制

      SNPpos <- pos$x
      LDheatmap(SNP, SNPpos,color = grey.colors(20))

      Error in LDheatmap(SNP, SNPpos, color = grey.colors(20)) :
        column 1 is not a genotype object

      额, 也许是因为没有“/”的原因,加上试试?

      2.2 碱基型之间加“/“

      怎么加呢? 首先想到 Tidyverse|数据列的分分合合,一分多,多合一的separate和unite,可是没有分隔符。。

      经高人指点 ,使用替换的方式,解决方法很多。此处使用R-do包的函数

      library(do)
      df <- na.omit(SNP)
      #A,C,G ,T 替换为A/,C/,G/,T/
      df1 = do::Replace(df,pattern = c("A:A/","C:C/","G:G/","T:T/"))
      #去掉最后的/
      SNPdata <- do::Trim(df1,"/")
      SNPdata[1:4,1:4]
       rs4615512 rs2283089 rs1894731 rs2283092
      1       T/C       C/C       A/A       T/T
      2       T/C       C/T       A/A       T/T
      3       T/C       C/C       A/A       T/T
      5       T/C       C/C       A/A       T/T

      加上了,再次绘图

      LDheatmap(SNPdata, SNPpos,color = grey.colors(20))

      Error in LDheatmap(SNPdata, SNPpos, color = grey.colors(20)) :
        column 1 is not a genotype object

      额 ,还是不行,同样的报错。检索报错,尝试转换数据格式。

      2.3 碱基型转为genotype object

      使用genetics包的函数转化

      library("genetics")
      for(i in 1:ncol(SNPdata)){
       SNPdata[,i]<-as.genotype(SNPdata[,i])
      }
      LDheatmap(SNPdata, SNPpos,color = grey.colors(20))

      额  ,,,终于可以了。。。

      三 图形调整,优化

      3.1 调整颜色,更改标题,标示SNP名称

      color.rgb <- colorRampPalette(rev(c("white","red")),space="rgb")
      ## 绘制连锁不平衡图
      names <- c("rs1111183", "rs2237789", "rs2299531")
      LDheatmap(SNPdata, SNPpos,
               color=color.rgb(20),
               title = "DEU Pairwise LD",
               SNP.name=names,flip=TRUE)

      3.2 使用grid调整SNP标记名称字体大小、颜色

      library(grid)
      grid.edit(gPath("ldheatmap", "geneMap","SNPnames"), 
         gp = gpar(col="black",lwd = 1,cex=0.7))

      所谓的”倒三角图“完成,haploview软件也很好看,且有block,批量也许不太友好,见仁见智了!

      请关注“恒诺新知”微信公众号,感谢“R语言“,”数据那些事儿“,”老俊俊的生信笔记“,”冷🈚️思“,“珞珈R”,“生信星球”的支持!

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