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      • KEGG富集分析结果可视化

      KEGG富集分析结果可视化

      • 发布者 一览
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      • 日期 2020年3月12日
      • 评论 0评论
      library(ggplot2)
      library(ggthemes)
      tab<-read.table("leaf.ori.IDs.keggEnrich.tab.final.xls",header=T,sep="\t")
      colnames(tab)
      tab<-tab[,c("Term.Name","MainClass",
                                                 "GeneHitsInSelectedSet",
                                                 "GeneHitsInBackground"
                                                 )]
      head(tab)
      tab$richFactor<-tab$GeneHitsInSelectedSet/tab$GeneHitsInBackground
      
      tab<-tab[order(tab$richFactor,decreasing = T),]
      tab<-tab[order(tab$MainClass,decreasing = F),]
      
      tab$Term.Name<-factor(tab$Term.Name,levels=unique(as.character(tab$Term.Name)))
      p<-ggplot(tab,aes(x=Term.Name,y=richFactor))
      p+geom_bar(stat="identity",width=0.1)+geom_point(aes(color=MainClass),size=10)+
        geom_text(aes(label=GeneHitsInSelectedSet),alpha=I(0.8))+
        theme_bw() +
        theme(
          
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          )
        )+scale_color_pander()+xlab("KEGG Pathway")+ylab("Rich Factor")

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