IGV-sRNA,改造出一个适合小RNA分析的基因组浏览器
写在前面
IGV是我认知范围内,得到最广泛使用的基因组浏览器。作为一个强大的软件,其支持 各种测序数据的可视化,但对于小RNA测序数据的支持,却仍然一般。于是,我对其进行了几次小的修改,完成一个相对适用于小RNA测序数据可视化的工具。
重新审视了过去的时间,我觉得这个工作并不值得。但是,对于我毫无意义的,或许对于其他人是有用的。于是 ,写一份目录帖,希望对有需要的人有所帮助。
五份改造记录
起因是生信札记读者微信交流群有人提出了一个图,而我给出了一个解法,即修改IGV源码并使其支持。我的说法是,这个操作很简单。于是,写一个帖子证明,这个过程到底多简单。
修改IGV基因组浏览器源码,做一个自己需要的浏览器 – https://www.jianshu.com/p/14f1d64d220f
第一个,新增特性,不仅仅显示Coverage,而是显示当前位点对应长度的reads丰度。

具体见
IGV-基因组浏览器-改造记录(一) – https://www.jianshu.com/p/7e90e454d487
第二个,新增特性,RegionOfInterest支持RNAfold,且IGV主窗口与RNA二级结构图支持动态同步

IGV-基因组浏览器-改造记录(二) – https://www.jianshu.com/p/09f0605fd036
第三个,新增特性,RNA二级结构折叠图对应reads丰度信息

IGV-基因组浏览器-改造记录(三) – https://www.jianshu.com/p/fcadcbfb88d1
第四个,新增特性,实时计算Phasing Score,

IGV-基因组浏览器-改造记录(四) – https://www.jianshu.com/p/7298d534ae8f
第五个特性,实时解析collasped.reads

请关注“恒诺新知”微信公众号,感谢“R语言“,”数据那些事儿“,”老俊俊的生信笔记“,”冷🈚️思“,“珞珈R”,“生信星球”的支持!