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      • IGV-基因组浏览器-改造记录(二)

      IGV-基因组浏览器-改造记录(二)

      • 发布者 一览
      • 分类 未分类
      • 日期 2020年3月10日
      • 评论 0评论

      在前述的改造记录中(https://www.jianshu.com/p/7e90e454d487),我们主要是给IGV增加了一个ReadLen Track,这样就可以实时地查看任何区域的sRNA读段的丰度和分布情况,在鉴定PHAS和数据观察上,有较大的用处 。
      但是很多时候,更多人关注的不是phasiRNA,而是miRNA,或者有一定二级结构的siRNA前体。
      这个时候,查看IGV的同时,观察一些二级结果,显得尤为重要。

      调整RegionOfInterest弹出菜单,增加RNAfold功能

      直接从IGV内部启动RNAfold,只能修改源代码。大体我使用了三步完成这个事情:

      1. 增加RNAfold调用源码
      2. 修改菜单,并增加响应调用事件
      3. 考虑正反链(一个是SenseFold,一个是AntisenseFold)

      具体的使用比较简单,选定了感兴趣的区域之后,鼠标右击即可

      可以看到,已经增加了两个新的选项。
      其中,SenseFold,是直接截取感兴趣的区域序列,进行RNAfold
      而AntiSenseFold,则是截取后的区域序列,先做反向互补,随后再进行折叠

      弹出的RNAfold窗口有较好的交互性

      鼠标双击二级结构,即可调出菜单

      直接在文本框中输入感兴趣的序列子串,
      即可直接高亮出对应的碱基

      对于选中的碱基,可以直接修改其一些特征,比如填充颜色

      当然,还有其他功能….感兴趣的可以自行摸索

      IGV与RNAfold窗口的动态交互

      IGV可以显示测序数据在基因组上的覆盖情况和相关的详细信息,而RNAfold窗口,则展示对应区域的二级结构,结合两者分析,可以更好地发现一些东西

      大体的使用是,fold的时候

      当鼠标位于IGV的某个碱基位置时,RNAfold窗口会实时高亮出对应的碱基

      如此,我们可以更好的观察到
      每个碱基所在的二级结构位置和该位点的覆盖深度

      请关注“恒诺新知”微信公众号,感谢“R语言“,”数据那些事儿“,”老俊俊的生信笔记“,”冷🈚️思“,“珞珈R”,“生信星球”的支持!

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