IGV-基因组浏览器-改造记录（三）

写在前面

前面已经做了两次IGV浏览器的改造。在进行第二次改造后，我们会发现一个明显的需求。即，二级结构上同时附加每个碱基的测序深度（类似表达量），那么将能更好的帮助判断miRNA或者特殊的sRNA二级结构。
于是，在忙碌了数日后，我们又进行了一次增强。

展示二级结构的同时展示位点测序深度

一开始，这是一个相对复杂的事情，但事实上也是简单的事情。
复杂在于：序列是基因组的，而参考的基因组，只有一个；而测序深度是针对每个数据集不同的。
这个就意味着，同时展示结构域信息和测序深度信息，是一个直接不可调和的事情。
解决办法，前述不可调和，主要原因在于我的思维被RegionOfInterest的RNAfold实现限制。事实上，我们只需要对每个数据集合开放菜单接口即可。

使用

1. 调整到进行Fold的区间（独立于RegionOfInterest）

2. 在ReadLenTrack上调出菜单
鼠标右击ReadLenTrack，即可看到菜单

3.点击则会弹出Fold窗口
分别点击，可看到推文最初的图片

图片说明

从图片中科看到，

1. 左侧是IGV窗口，按照正常IGV浏览器操作即可
2. 右侧上端是当前链折叠的结果；下端是反向互补链折叠的结果
3. 鼠标在IGV窗口移动的同时，竖线会指向某个碱基位置，同时，对应的折叠窗口会高亮对应的碱基。（图中，碱基A，对应正向折叠窗口红圈高亮碱基A，对应反向折叠窗口红圈高亮碱基U）
4. 凡是有reads覆盖的碱基位置，外圈为橙色，否则为黑色
5. 覆盖率高低在折叠窗口上以红色的深浅程度表示