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      • IGV-基因组浏览器-改造记录(三)

      IGV-基因组浏览器-改造记录(三)

      • 发布者 一览
      • 分类 未分类
      • 日期 2020年3月10日
      • 评论 0评论

      写在前面

      前面已经做了两次IGV浏览器的改造。在进行第二次改造后,我们会发现一个明显的需求。即,二级结构上同时附加每个碱基的测序深度(类似表达量),那么将能更好的帮助判断miRNA或者特殊的sRNA二级结构。
      于是,在忙碌了数日后,我们又进行了一次增强。

      展示二级结构的同时展示位点测序深度

      一开始,这是一个相对复杂的事情,但事实上也是简单的事情。
      复杂在于:序列是基因组的,而参考的基因组,只有一个;而测序深度是针对每个数据集不同的。
      这个就意味着,同时展示结构域信息和测序深度信息,是一个直接不可调和的事情。
      解决办法,前述不可调和,主要原因在于我的思维被RegionOfInterest的RNAfold实现限制。事实上,我们只需要对每个数据集合开放菜单接口即可。

      使用

      1. 调整到进行Fold的区间(独立于RegionOfInterest)

      2. 在ReadLenTrack上调出菜单
      鼠标右击ReadLenTrack,即可看到菜单

      3.点击则会弹出Fold窗口
      分别点击,可看到推文最初的图片

      图片说明

      从图片中科看到,

      1. 左侧是IGV窗口,按照正常IGV浏览器操作即可
      2. 右侧上端是当前链折叠的结果;下端是反向互补链折叠的结果
      3. 鼠标在IGV窗口移动的同时,竖线会指向某个碱基位置,同时,对应的折叠窗口会高亮对应的碱基。(图中,碱基A,对应正向折叠窗口红圈高亮碱基A,对应反向折叠窗口红圈高亮碱基U)
      4. 凡是有reads覆盖的碱基位置,外圈为橙色,否则为黑色
      5. 覆盖率高低在折叠窗口上以红色的深浅程度表示

      请关注“恒诺新知”微信公众号,感谢“R语言“,”数据那些事儿“,”老俊俊的生信笔记“,”冷🈚️思“,“珞珈R”,“生信星球”的支持!

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