QPCRpro 正式上线！

世界上有种寂寞叫男人的寂寞。世界上有种寂寞叫科研人的寂寞。世界上有种寂寞叫生信人的寂寞。世界上还有种寂寞叫做生信人无人交流的寂寞。                                                                                                                          ——俊言俊语

QPCRpro 正式上线！

唠叨

上上期在公众号展示了一个 QPCRpro 主要的界面图，初衷是想大部分用中文标识，奈何 shiny 对中文太不友好了，在上传 app 到 shiny 官网时一直报错，无奈全部换成英文的才顺利上传！

所以建议小伙伴们在写 shiny 小程序时尽量用英文的吧。

拉人

老俊俊最近新建了一个微信交流群，非常希望小伙伴们加入并一起交流学习和讨论 R 语言、绘图、linux、高通量测序数据分析、shiny 等相关问题。希望能解决小伙伴们在生信学习道路上的各种问题。以下是二维码：

最后欢迎志同道合的小伙伴们加入！

正题

我之前写的 shiny 版 QPCR 数据快速分析的软件浏览量还挺大，不知道用的人多不多，详情看：QPCR 数据快速分析和绘图 — by shiny ，好像大家对付费的东西不咋喜欢，哈哈哈。

QPCR-explorer 可以快速计算基因的相对表达量和统计结果，还可以绘制条形图，支持 Y 轴截断等等功能，针对大量的 QPCR 数据分析大概几分钟就能完成，省去了很多时间，但是虽然可以分析 P 值，但是不可以将 P 值添加到条形图里，QPCRpro 正是为了解决这个问题产生的，我们可以批量在组内添加 P 值，绘制条形图，增加了很多细节调整参数等。

我们先看看绘制结果：

不加 p 值：

添加 p 值：

添加显著性：

一起添加：

还可以改颜色、随意调换基因、样本顺序：

还可以改成不填充，改变 errorbar：

X 轴换个样式，调整图例位置：

大家有没有心动？输入数据只需要三列，是从 QPCR-explorer 软件分析下载的结果，大概是每个样本对应基因的表达量 FC 值。

使用

首先是登录界面，登录账号和密码是 zhoulab、2018：

登录进入后左边侧边栏分别是：介绍，输入数据，统计结果和绘图：

第一个介绍页面第一个表格则是输入数据的示例，右边则是 QPCR-explorer 软件，点击下面的链接可以直接进入。

输入数据界面默认加载示例数据，如果用自己的数据则选择 FALSE 即可，右边是你上传数据的内容：

来到统计结果页面，有三个选项，第一个是配对样本选择，默认不配对，第二个是选择对照组，选择我们需要比较的组名，最后一个是 p 值矫正的方法，qpcr 数据基本不需要矫正，然后右边两个表格上面的是对数据的基本统计结果，min、max、mean、sd、se 等统计量，下面的则是相对于对照组的 p 值建议结果，两个表格都可下载：

接下来来到重要的绘图面板了，这部分参数我也写的比较多一些，为了是大家调出更加漂亮的图：

默认面板：

默认画个图看看，点击 submit 按钮：

左侧是参数设置栏，下面来分别介绍：

1、样本或基因顺序更改：

需要更改就选 TRUE，然后输入你想改变的顺序就可以了。非常的方便。

2、errorbar 设置：

这块调整误差线的，粗细，宽度，显示类型等等。

3、柱子设置：

这块设置柱子的位置，宽度，边框颜色、粗细等。

4、颜色选择：

默认使用颜色盘，有 19 中颜色可供选择，如果不喜欢或者想自定义颜色，选择 FALSE，然后有个颜色版，在上面以逗号分割填入在颜色版选择的颜色名字就可以了。

5、坐标轴标签设置：

这块设置 x、y 轴的标签，还有字体大小。

6、坐标轴设置：

设置 x 轴文字的选择角度，竖直和水平调整，Y 轴的范围，刻度、轴线粗细、x 轴样式等。

7、图例位置调整：

可以上下左右调整，或者自定义在某个位置。

8、重点！添加 p 值标注：

默认不添加，添加方式有三种，p 值，显著性标记或一起添加。此外还可以调整标注符合的字体大小，标注括弧的粗细、长短及之间的相对距离。

9、图片下载：

这里可以指定下载图片的宽度和高度，下载时 pdf 格式的，大家还可以进一步优化调整在 pdf 编辑软件里。

10、登出：

点击右上角的登出就退出登陆了。

最后附上网址：https://michelle2021.shinyapps.io/QPCRpro18/

最后欢迎大家使用和分享，创作不易，点亮你的小爱心，哈哈。