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      • QPCRpro 正式上线!

      QPCRpro 正式上线!

      • 发布者 weinfoadmin
      • 分类 未分类, 老俊俊的生信笔记
      • 日期 2021年9月10日
      • 评论 0评论

      感谢老俊俊的大力支持。我们会每日跟新,欢迎您关注老俊俊的生信笔记。

      世界上有种寂寞叫男人的寂寞。世界上有种寂寞叫科研人的寂寞。世界上有种寂寞叫生信人的寂寞。世界上还有种寂寞叫做生信人无人交流的寂寞。                                                                                                                          ——俊言俊语

      QPCRpro 正式上线!

      唠叨

      上上期在公众号展示了一个 QPCRpro 主要的界面图,初衷是想大部分用中文标识,奈何 shiny 对中文太不友好了,在上传 app 到 shiny 官网时一直报错,无奈全部换成英文的才顺利上传!

      所以建议小伙伴们在写 shiny 小程序时尽量用英文的吧。

      拉人

      老俊俊最近新建了一个微信交流群,非常希望小伙伴们加入并一起交流学习和讨论 R 语言、绘图、linux、高通量测序数据分析、shiny 等相关问题。希望能解决小伙伴们在生信学习道路上的各种问题。以下是二维码:

      最后欢迎志同道合的小伙伴们加入!

      正题

      我之前写的 shiny 版 QPCR 数据快速分析的软件浏览量还挺大,不知道用的人多不多,详情看:QPCR 数据快速分析和绘图 — by shiny ,好像大家对付费的东西不咋喜欢,哈哈哈。

      QPCR-explorer 可以快速计算基因的相对表达量和统计结果,还可以绘制条形图,支持 Y 轴截断等等功能,针对大量的 QPCR 数据分析大概几分钟就能完成,省去了很多时间,但是虽然可以分析 P 值,但是不可以将 P 值添加到条形图里,QPCRpro 正是为了解决这个问题产生的,我们可以批量在组内添加 P 值,绘制条形图,增加了很多细节调整参数等。

      我们先看看绘制结果:

      不加 p 值:

      添加 p 值:

      添加显著性:

      一起添加:

      还可以改颜色、随意调换基因、样本顺序:

      还可以改成不填充,改变 errorbar:

      X 轴换个样式,调整图例位置:

      大家有没有心动?输入数据只需要三列,是从 QPCR-explorer 软件分析下载的结果,大概是每个样本对应基因的表达量 FC 值。

      使用

      首先是登录界面,登录账号和密码是 zhoulab、2018:

      登录进入后左边侧边栏分别是:介绍,输入数据,统计结果和绘图:

      第一个介绍页面第一个表格则是输入数据的示例,右边则是 QPCR-explorer 软件,点击下面的链接可以直接进入。

      输入数据界面默认加载示例数据,如果用自己的数据则选择 FALSE 即可,右边是你上传数据的内容:

      来到统计结果页面,有三个选项,第一个是配对样本选择,默认不配对,第二个是选择对照组,选择我们需要比较的组名,最后一个是 p 值矫正的方法,qpcr 数据基本不需要矫正,然后右边两个表格上面的是对数据的基本统计结果,min、max、mean、sd、se 等统计量,下面的则是相对于对照组的 p 值建议结果,两个表格都可下载:

      接下来来到重要的绘图面板了,这部分参数我也写的比较多一些,为了是大家调出更加漂亮的图:

      默认面板:

      默认画个图看看,点击 submit 按钮:

      左侧是参数设置栏,下面来分别介绍:

      1、样本或基因顺序更改:

      需要更改就选 TRUE,然后输入你想改变的顺序就可以了。非常的方便。

      2、errorbar 设置:

      这块调整误差线的,粗细,宽度,显示类型等等。

      3、柱子设置:

      这块设置柱子的位置,宽度,边框颜色、粗细等。

      4、颜色选择:

      默认使用颜色盘,有 19 中颜色可供选择,如果不喜欢或者想自定义颜色,选择 FALSE,然后有个颜色版,在上面以逗号分割填入在颜色版选择的颜色名字就可以了。

      5、坐标轴标签设置:

      这块设置 x、y 轴的标签,还有字体大小。

      6、坐标轴设置:

      设置 x 轴文字的选择角度,竖直和水平调整,Y 轴的范围,刻度、轴线粗细、x 轴样式等。

      7、图例位置调整:

      可以上下左右调整,或者自定义在某个位置。

      8、重点!添加 p 值标注:

      默认不添加,添加方式有三种,p 值,显著性标记或一起添加。此外还可以调整标注符合的字体大小,标注括弧的粗细、长短及之间的相对距离。

      9、图片下载:

      这里可以指定下载图片的宽度和高度,下载时 pdf 格式的,大家还可以进一步优化调整在 pdf 编辑软件里。

      10、登出:

      点击右上角的登出就退出登陆了。

      最后附上网址:https://michelle2021.shinyapps.io/QPCRpro18/


      最后欢迎大家使用和分享,创作不易,点亮你的小爱心,哈哈。

      欢迎小伙伴留言评论!

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      今天的分享就到这里了,敬请期待下一篇!

      最后欢迎大家分享转发,您的点赞是对我的鼓励和肯定!

      如果觉得对您帮助很大,打赏一下吧!

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