生信小白第6天-初涉测序
今天是生信星球陪你的第6天
你想找辆共享单车,发现满街都是别家车,没有一辆你能骑。
你想学点生信,搜了“初学者教程”,满眼尽是高大上,没有一句能看懂。
终于你跨越茫茫宇宙,来到生信星球,发现了初学者的新大陆!
冲进实验室发传单的销售们经常会拉着你问,同学我们做高通量测序的,您这边需要了解一下吗?花花一般会说:我是实习生!哼。话说回来,咱可以不理他,但不能不知道啥叫高通量测序!
1.经典
测序–核酸DNA分子一级结构的测定。迄今为止发展了三代。
第一代DNA测序技术桑格尔-双脱氧链终止法是最为经典的一代测序技术,至今仍是测序行业的金标准。
人类基因组计划(HGP)主要基于第一代测序技术。HGP完成后,进入后基因组时代,成本高、通量低的传统测序技术不能满足深度测序和重复测序等大规模基因组测序的要求。
2.进阶
第二代DNA测序技术(next generation sequencing,NGS )-循环阵列合成测序法。
主要平台有:
1.罗氏454公司的GS FLX sequencer
2.Illumina solexa genome analyzer
3.ABI公司的SOLiD sequencer
二代测序大幅度提高了测序速度,降低了测序成本(下图),保持了高准确性。缺点是读长短,拼接困难,pcr技术增加了测序的错误率。
3.创新
第三代测序技术以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies 的纳米孔单分子测序技术为标志,不需要经过PCR扩增,超长读长,可达二代测序的100倍以上,实现了对每一条DNA分子的单独测序。错误率比二代要高,达到10-15%。
4.小结
注:
注:文章图片来自网络
初学生信,很荣幸带你迈出第一步~
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