ggplot2的x轴坐标顺序不对肿么办

起因

这是一个天朗气清的日子。我正无聊的翻看着聊天记录，突然一道题出现在我的视野里：

图是这样的：

顿时精神起来,思路哗啦啦的出现。

思路

1.这图应该是ggplot2，theme_bw主题的箱线图（geom_boxplot()）。
2.模拟作图的数据：x轴是染色体，y轴数字用随机数，范围大概在0-3之间。
3.重点是怎么调整x轴的顺序让它按照数字排列，而非默认的ASCII
码排序，我搜到了这个网页，虽然图已经挂了， 但是代码还活着：https://blog.csdn.net/weixin_34006468/article/details/87741179
4.作为锦上添花的一笔，可以把那个红点也加上去，大概是个平均值吧。需要计算平均值，然后叠加图层（点图）。这个形状我在R数据科学第一章见过：

不就是那个23嘛。

代码实现

step1：模拟数据&数据清理

x=matrix(rnorm(2200,mean=1.5,sd = 0.2),ncol = 22)
test=as.data.frame(x)
colnames(test)=paste0("chr",1:22)
head(test,3)

##       chr1     chr2      chr3     chr4     chr5     chr6     chr7     chr8
## 1 1.735900 1.592964 1.5357012 1.509799 1.427116 1.731629 1.577542 1.437874
## 2 2.044522 1.188158 1.5777756 1.402124 1.288738 1.469201 1.608938 1.541404
## 3 1.236109 1.281460 0.9248059 1.557471 1.854517 1.400657 1.499865 1.633099
##       chr9    chr10    chr11    chr12    chr13    chr14    chr15    chr16
## 1 1.419864 1.473799 1.533877 1.634162 1.187985 1.277067 1.556884 1.439447
## 2 1.319382 1.416500 1.576769 1.233425 1.689680 1.365171 1.277405 1.845788
## 3 1.243472 1.573978 1.477648 1.610831 1.643301 1.218138 1.457112 1.577818
##      chr17    chr18    chr19    chr20    chr21    chr22
## 1 1.182395 1.399263 1.317782 1.372491 1.276228 1.331798
## 2 1.486231 1.443116 1.864301 1.407559 2.028096 1.357263
## 3 1.411519 1.576395 1.794003 1.456685 1.141306 1.664034

可以粗暴的直接做图：

boxplot(test)

if(!require(tidyr)) install.packages("tidyr")

## Loading required package: tidyr

## Warning: package 'tidyr' was built under R version 3.5.3

library(tidyr)
test2 <- gather(test,key = "chr",value = "values")
head(test2,3)

##    chr   values
## 1 chr1 1.735900
## 2 chr1 2.044522
## 3 chr1 1.236109

翻了一下以前的笔记，怎么画箱线图,怎么把横坐标调成倾斜的（目的是防重叠） https://www.jianshu.com/p/666de30161b2

如果直接做图，就会和题目中的图一样，注意看x轴顺序

if(!require(ggplot2)) install.packages("ggplot2")

## Loading required package: ggplot2

library(ggplot2)

p1 <- ggplot(test2,aes(x = chr, y = values)) + 
  geom_boxplot()+
  theme_bw()+
  theme(axis.text.x = element_text(angle=50,vjust = 0.5))
p1

step2：改x轴坐标顺序，不是改图，而是改作图的数据

⭐重点就是这里：要把x轴对应的那一列变成因子，按照你想要的顺序排序 ：

table(test2$chr)

## 
##  chr1 chr10 chr11 chr12 chr13 chr14 chr15 chr16 chr17 chr18 chr19  chr2 
##   100   100   100   100   100   100   100   100   100   100   100   100 
## chr20 chr21 chr22  chr3  chr4  chr5  chr6  chr7  chr8  chr9 
##   100   100   100   100   100   100   100   100   100   100

test2$chr <- factor(test2$chr,levels=paste0("chr",1:22),ordered = TRUE)

调完再做图：

p1 <- ggplot(test2,aes(x = chr, y = values)) + 
  geom_boxplot()+
  theme_bw()+
  theme(axis.text.x = element_text(angle=50,vjust = 0.5))
p1

step3：把红点那个图层加上

这个可能不怎么好理解，图层叠加是可以换数据的。还有，形状颜色分为边框和填充，分别用color和fill这两个参数，尺寸大小，用size，作图就像驴拉磨，一圈一圈调。

y=data.frame(mean=apply(test, 2, mean))
if(!require(tibble))install.packages("tibble")
library(tibble)
y=rownames_to_column(y,var="chr")
p1+geom_point(data = y,aes(x=chr,
                           y=mean),
              shape=23,
              fill="red",
              color="black",
              size=3)