GEO数据上传过程前一个不能忽略的细节

豆豆写于2020.10.28
最近我在将测序数据上传到GEO时，碰到了一个问题，认为有必要提醒大家一下，省的耽误后面的时间

前言

一般来说，GEO的上传方法可以参考之前我写的：会了GEO数据下载，来看看怎么上传吧

把所有数据存放好，并且给到他们一个md5文件即可（用于校验文件是否上传完整）。正常情况下，5个工作日就会得到GEO的通知。也的确是，但没想到是通知数据有误：

很奇怪，但我更想知道的是，为什么我的数据有问题呢？GEO怎么判断的？

处理的过程

接到这个邮件后，我第一反应是我是不是上传途中网断了？由于数据不完整导致md5校验失败。但按说数据不完整一般会在fileZilla中看到失败项，而我并没看到。

于是第一次我只是重新上传了这三个数据，并且保证完整地上传了

后来再次收到邮件：

说是：文件重复上传（意味着我第一次没有上传失败），然后显示问题是三个文件的不同行出现了长度不等的序列。后来经过验证发现，数据确实有问题，经过重新处理、上传、校验，才被接受

一个小建议

在上传前，除了常规的md5校验以外，最好先自己检查一下数据的完整性，以免后续耽误时间。那么如何检查数据完整性呢？推荐一个小工具，可以快速判断: https://github.com/nunofonseca/fastq_utils

# 安装
conda install -c bioconda fastq_utils
# 使用很简单：单端
fastq_info file_1.fastq.gz
# 双端
 fastq_info file_1.fastq.gz file_2.fastq.gz    

当全部结果为ok时，再通知GEO会更保险