• 主页
  • 课程

    关于课程

    • 课程归档
    • 成为一名讲师
    • 讲师信息
    同等学历教学

    同等学历教学

    免费
    阅读更多
  • 特色
    • 展示
    • 关于我们
    • 问答
  • 事件
  • 个性化
  • 博客
  • 联系
  • 站点资源
    有任何问题吗?
    (00) 123 456 789
    weinfoadmin@weinformatics.cn
    注册登录
    恒诺新知
    • 主页
    • 课程

      关于课程

      • 课程归档
      • 成为一名讲师
      • 讲师信息
      同等学历教学

      同等学历教学

      免费
      阅读更多
    • 特色
      • 展示
      • 关于我们
      • 问答
    • 事件
    • 个性化
    • 博客
    • 联系
    • 站点资源

      生信星球

      • 首页
      • 博客
      • 生信星球
      • 生信小白第15天-Linux实用小技能~拿走不谢

      生信小白第15天-Linux实用小技能~拿走不谢

      • 发布者 weinfoeditor
      • 分类 生信星球
      • 日期 2018年5月25日
      测试开头


      今天是生信星球陪你的第15天


         你想找辆共享单车,发现满街都是别家车,没有一辆你能骑。

         你想学点生信,搜了“初学者教程”,满眼尽是高大上,没有一句能看懂。

         终于你跨越茫茫宇宙,来到生信星球,发现了初学者的新大陆!

      相信大家已经有了linux的基础知识了,那么我们如何才能提高我们的效率呢?今天豆豆就带你领略一下小企鹅的魅力,绝对能做到其他系统做不到的事情


      1.改善下外观吧~


             人人都喜欢清晰简洁的操作界面,尤其是想看各个文件大小,这个在Linux中很容易实现。

             有个命令叫tree,诶,没错就是让你看文件的树状结构,like this:

      生信小白第15天-Linux实用小技能~拿走不谢

      1. 下载安装:

        http://mama.indstate.edu/users/ice/tree/src/tree-1.7.0.tgz

        tar -zxvf tree-1.7.0.tgz
        cd  tree-1.7.0.tgz && make install
        记得将安装完的程序导入自己的环境变量
        那么如何
        设置自己的环境变量呢,简单说一下:

        mkdir -p /place you like/soft (这里命名和存放位置自定义)
        echo export PATH=/your install environment path/bin:$PATH >> ~/.bashrc
        source ~/.bashrc
        设置好后,将软件copy到环境变量

        cp tree /your environment PATH/

      2. 使用就很简单啦:tree -h dir
        (-h 意思是-human-readable,很方便地将文件大小表示出来)


      2.文本操作有技巧?


             一般在linux中和我们打交道最多的也就是文本了,处理文本少不了编辑器。选择很多,我们用vim,你可以认为它是windows下的文本文档或者word之类的,但是呢vim做的事一般的可视化界面编辑器做不到哦,比如:你要看一个20G的bam文档,Windows呵呵了。但是vim~ 秒开,无压力
             当然vim很强大,搭配正则表达式更是潜力无穷,这个以后再讲,今天先说说其他的小技巧。

      • head/tail -n file 查看文件前/后 n 行,在文件行数较多时,可以简单浏览下

      • cat 将文本全部打印到屏幕,有趣的是 倒过来的cat 竟然也可以直接将文本倒过来

      • cat -ns file1 > file2: 将1文件拷贝到2中,并加上行号(-n),遇到多行空格只显示一行(-s)

      • nl -n ln -b t file : file中的每行最前边显示行号(-n ln),并且空格不加行号
        (-b t), 如果想在空格处加上,用-b a

      • 日常最熟单词竟然还有这个强大作用!wc -c 统计字节数  wc -l 行数
        (小tip:关于字节:换行符、空格都是一个字节;一个汉字3个字节)
        统计/bin目录下命令个数:ls /bin | wc -l

      • tr : 替换/删除特定格式 大写转小写

      • 生信小白第15天-Linux实用小技能~拿走不谢

      • sort:   -r 降序    -n 使用字符串长度(数字)排序,而非字母,sort对于比较文件大小很有帮助


      3.再介绍几个常用Linux查看配置tip


      • df : disk free 显示磁盘空余

      • du: disk usage 是对文件和目录磁盘使用的空间的查看
        du -ch file1 file2 显示几个文件大小并count总和
        du -h | sort -nr | head -10 : 列出前10个占空间最大的文件,降序排列

      • cat /proc/cpuinfo | grep process | wc -l :
        查看cpu个数,方便以后跑程序设置线程数

      • uname -a :查看linux 内核/操作系统/CPU信息

      • head -n 3  /etc/issue: 查看操作系统版本


             初学生信,很荣幸带你迈出第一步。

             我们是生信星球,一个不拽术语、通俗易懂的生信知识平台。需要帮助或提出意见请后台留言或发送邮件到Bioplanet520@outlook.com~

      生信小白第15天-Linux实用小技能~拿走不谢








      测试结尾

      请关注“恒诺新知”微信公众号,感谢“R语言“,”数据那些事儿“,”老俊俊的生信笔记“,”冷🈚️思“,“珞珈R”,“生信星球”的支持!

      • 分享:
      作者头像
      weinfoeditor

      上一篇文章

      生信小白第14天-给你一根数据线
      2018年5月25日

      下一篇文章

      【机器学习】给非开发人员介绍机器学习
      2018年5月26日

      你可能也喜欢

      8-1651673488
      生信零基础入门学习小组长期报名中(2022仍继续)
      7 4月, 2022
      2-1651673738
      简化版的ROC曲线
      21 2月, 2022
      8-1651674718
      支持向量机模型
      19 11月, 2021

      搜索

      分类

      • R语言
      • TCGA数据挖掘
      • 单细胞RNA-seq测序
      • 在线会议直播预告与回放
      • 数据分析那些事儿分类
      • 未分类
      • 生信星球
      • 老俊俊的生信笔记

      投稿培训

      免费

      alphafold2培训

      免费

      群晖配置培训

      免费

      最新博文

      白介素-17受体信号的自主激活,维持炎症并促进疾病进展
      048月2023
      MCT4依赖的乳酸分泌抑制LKB1缺陷肺腺癌的抗肿瘤免疫
      187月2023
      Nature | 单细胞技术揭示衰老细胞与肌肉再生
      301月2023
      logo-eduma-the-best-lms-wordpress-theme

      (00) 123 456 789

      weinfoadmin@weinformatics.cn

      恒诺新知

      • 关于我们
      • 博客
      • 联系
      • 成为一名讲师

      链接

      • 课程
      • 事件
      • 展示
      • 问答

      支持

      • 文档
      • 论坛
      • 语言包
      • 发行状态

      推荐

      • iHub汉语代码托管
      • iLAB耗材管理
      • WooCommerce
      • 丁香园论坛

      weinformatics 即 恒诺新知。ICP备案号:粤ICP备19129767号

      • 关于我们
      • 博客
      • 联系
      • 成为一名讲师

      要成为一名讲师吗?

      加入数以千计的演讲者获得100%课时费!

      现在开始

      用你的站点账户登录

      忘记密码?

      还不是会员? 现在注册

      注册新帐户

      已经拥有注册账户? 现在登录

      close
      会员购买 你还没有登录,请先登录
      • ¥99 VIP-1个月
      • ¥199 VIP-半年
      • ¥299 VIP-1年
      在线支付 激活码

      立即支付
      支付宝
      微信支付
      请使用 支付宝 或 微信 扫码支付
      登录
      注册|忘记密码?