用for循环来安装R包

测试开头

今天是生信星球陪你的第272天

大神一句话，菜鸟跑半年。我不是大神，但我可以缩短你走弯路的半年~

就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~

这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！

大年初三，加油油。

首先搞清楚R包的来源及对应的安装方式：
来自CRAN：install.packages()

来自Biocductor: BiocManager::install()

来自Github:devools::install_github()

根据来源的不同将R包分开，包的名字组成字符串向量。

cran_packages <- c('tidyverse',
                   'ggpubr',
                   'ggstatsplot')
Biocductor_packages <- c('org.Hs.eg.db',
                         'hgu133a.db',
                         'CLL',
                         'hgu95av2.db',
                         'survminer',
                         'survival',
                         'hugene10sttranscriptcluster',
                         'limma')

先设置镜像，然后将向量作为循环的输入，逐个执行安装

if(length(getOption("CRAN"))==0) options(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
for (pkg in cran_packages){
  if (! require(pkg,character.only=T) ) {
    install.packages(pkg,ask = F,update = F)
    require(pkg,character.only=T) 
  }
}
# first prepare BioManager on CRAN
if(length(getOption("CRAN"))==0) options(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F)
if(length(getOption("BioC_mirror"))==0) options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
# use BiocManager to install
for (pkg in Biocductor_packages){
  if (! require(pkg,character.only=T) ) {
    BiocManager::install(pkg,ask = F,update = F)
    require(pkg,character.only=T) 
  }
}

无需理会中间的报错，挨个加载（library）看是否报错（这个不能用循环），不报错就是安装成功。报错说不存在什么包，就到回头去安装什么包。以加载时的报错为准。

大过年的，都看到这里了就到文末点个好看吧～

简书：小洁忘了怎么分身

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