Counts到差异表达基因（二）- 有重复数据 – DiffAnalysis.r

参考： https://www.jianshu.com/p/0a092eaf0b9c

写在前面

在《原始数据到Counts数据》中，已经讲明白了，如何得到Counts表格。
总之，运行结束，你应该会得到以下文件

ls -1 *.csv
gene_count_matrix.csv
transcript_count_matrix.csv

其中一个是gene水平的Counts数据，一个是转录本水平的。除非有特殊要求，一般我们只使用基因水平的Counts。
那么接下来就是进行差异表达分析

准备输入文件

1. Counts文件
   CSV格式，在上述我们已经准备好了，大体如下

2.样本信息文件，sample.info
注意，header必须是Sample type condition

样本信息，应该是将会用到的所有样本，比如（编一个）

3.两两比较的信息，comp.info
注意，header必须是Sample1 Sample2

这个文件比较重要，可以一次设置无限个比较方案，比如

这个输入，就会进行7个两两比较的差异表达分析

进行差异表达分析

进行差异表达分析，比较简单…(如果报错，找Junting Feng

Rscript /tools/XiaLabRNAseqPipe/DiffAnalysis.r gene_count_matrix.csv sample.info comp.info

等着，等到最后就完成了

输出的文件比较多，包括差异表达分析结果和PCA等