Bio|manhattan图

曼哈顿图常用于展示基因组数据，画图方法有多种，今天简单介绍以下几种：

一、R-qqman包

R包就会涉及安装，载入，如下：

安装：install.packages(‘qqman’)

载入：library(qqman)

head(gwasResults,3) #查看qqman提供qwas示例数据（gwasResult）

SNP CHR BP P

1 rs1 1 1 0.9148060

2 rs2 1 2 0.9370754

3 rs3 1 3 0.2861395

其中：SNP—snp名称，CHR—染色体编号，BP—碱基位置，P—p值；

1）最简单的manhattan：

manhattan(gwasResults)

2）加入标题、调整颜色、部分SNP高亮等细节

head(snpOfInterest)    #查看内置高亮snp数据， snpOfInterest可自行设置

manhattan(gwasResults, col = c("blue4", "orange3"), main = "Results from simulated trait",genomewideline = FALSE, suggestiveline = FALSE,highlight = snpsOfInterest[1:10])

其中参数：

CHR3的绿色点来自snpsOfInterest，highlight参数控制；

蓝色横线由参数suggestiveline控制；

红色横线由参数genomewideline控制；

3）批量表示基因名

gwasResults[3057,1] <- "AA"    #将最显著的点，自定义，可看出改变

manhattan(gwasResults,suggestiveline =FALSE,genomewideline =FALSE,col=c("#FF6A6A","#43CD80","#EE7600"),annotatePval=0.05,annotateTop=TRUE)

其中： annotatePval可以设置p阈值，低于该值的散点将会在图中被标记；annotateTop默认为True，即仅标记p值最小的点，所以该图中各条染色体只有一个snp被标记，倘若annotateTop设置为False，则所有低于annotatePval的点均会被标记。

二、R-CMplot包

参数更多，图更美观；多表型manhattan图绘制；circos状展示；

1）沿用gwasResults数据：

CMplot(gwasResults,plot.type="m",LOG10=TRUE,threshold=NULL,chr.den.col=NULL,file="jpg",memo="",dpi=300)

2）SNP的密度在图下面展示（CMplot内置数据）：

CMplot(pig60K, plot.type="m", LOG10=TRUE, ylim=NULL, threshold=c(1e-6,1e-4),threshold.lty=c(1,2), threshold.lwd=c(1,1), threshold.col=c("black","grey"),

amplify=TRUE,chr.den.col=c("darkgreen","yellow","red"),bin.size=1e6,signal.col=c("red","green"),signal.cex=c(1,1),signal.pch=c(19,19),file="jpg",memo="",dpi=300)

#parameter 'chr.den.col' is bigger than 1, SNP density that counts the number of SNP within given size('bin.size') will be plotted

3）多表型展示

CMplot(pig60K, plot.type="m", multracks=TRUE, threshold=c(1e-6,1e

4),threshold.lty=c(1,2),threshold.lwd=c(1,1), threshold.col=c("black","grey"), amplify=TRUE,bin.size=1e6,chr.den.col=c("darkgreen", "yellow", "red"), signal.col=c("red","green"),signal.cex=c(1,1),file="jpg",memo="",dpi=300)

4）circos状展示

CMplot(pig60K,plot.type="c",chr.labels=paste("Chr",c(1:18,"X"),sep=""),r=0.4,cir.legend=TRUE,outward=FALSE,cir.legend.col="black",cir.chr.h=1.3,chr.den.col="black",file="jpg",memo="",dpi=300)