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      • Bio|manhattan图

      Bio|manhattan图

      • 发布者 一览
      • 分类 未分类
      • 日期 2020年3月8日
      • 评论 0评论

      曼哈顿图常用于展示基因组数据, 画图方法有多种,今天简单介绍以下几种:

      一、R-qqman包

      R包就会涉及安装,载入,如下:

      安装:install.packages(‘qqman’)

      载入:library(qqman)

      head(gwasResults,3)   #查看qqman提供qwas示例数据(gwasResult)

       SNP CHR BP         P

      1 rs1   1  1 0.9148060

      2 rs2   1  2 0.9370754

      3 rs3   1  3 0.2861395

      其中:SNP—snp名称,CHR—染色体编号,BP—碱基位置,P—p值;

      1)最简单的manhattan:

      manhattan(gwasResults)

      2)加入标题、调整颜色、部分SNP高亮等细节

      head(snpOfInterest)    #查看内置高亮snp数据, snpOfInterest可自行设置
      
      manhattan(gwasResults, col = c("blue4", "orange3"), main = "Results from simulated trait",genomewideline = FALSE, suggestiveline = FALSE,highlight = snpsOfInterest[1:10])

      其中参数:

      CHR3的绿色点来自snpsOfInterest,highlight参数控制;

      蓝色横线由参数suggestiveline控制;

      红色横线由参数genomewideline控制;

      3)批量表示基因名

      gwasResults[3057,1] <- "AA"    #将最显著的点,自定义,可看出改变
      
      manhattan(gwasResults,suggestiveline =FALSE,genomewideline =FALSE,col=c("#FF6A6A","#43CD80","#EE7600"),annotatePval=0.05,annotateTop=TRUE)

      其中: annotatePval可以设置p阈值,低于该值的散点将会在图中被标记;annotateTop默认为True,即仅标记p值最小的点,所以该图中各条染色体只有一个snp被标记,倘若annotateTop设置为False,则所有低于annotatePval的点均会被标记。

      二、R-CMplot包

      参数更多,图更美观;多表型manhattan图绘制;circos状展示;

      1)沿用gwasResults数据:

      CMplot(gwasResults,plot.type="m",LOG10=TRUE,threshold=NULL,chr.den.col=NULL,file="jpg",memo="",dpi=300)

      2)SNP的密度在图下面展示(CMplot内置数据):

      CMplot(pig60K, plot.type="m", LOG10=TRUE, ylim=NULL, threshold=c(1e-6,1e-4),threshold.lty=c(1,2), threshold.lwd=c(1,1), threshold.col=c("black","grey"),
      
      amplify=TRUE,chr.den.col=c("darkgreen","yellow","red"),bin.size=1e6,signal.col=c("red","green"),signal.cex=c(1,1),signal.pch=c(19,19),file="jpg",memo="",dpi=300)
      
      #parameter 'chr.den.col' is bigger than 1, SNP density that counts the number of SNP within given size('bin.size') will be plotted

      3)多表型展示

      CMplot(pig60K, plot.type="m", multracks=TRUE, threshold=c(1e-6,1e
      
      4),threshold.lty=c(1,2),threshold.lwd=c(1,1), threshold.col=c("black","grey"), amplify=TRUE,bin.size=1e6,chr.den.col=c("darkgreen", "yellow", "red"), signal.col=c("red","green"),signal.cex=c(1,1),file="jpg",memo="",dpi=300)

      4)circos状展示

      CMplot(pig60K,plot.type="c",chr.labels=paste("Chr",c(1:18,"X"),sep=""),r=0.4,cir.legend=TRUE,outward=FALSE,cir.legend.col="black",cir.chr.h=1.3,chr.den.col="black",file="jpg",memo="",dpi=300)

      三、function方法:

      链接:https://d.cosx.org/d/109583-109583 (最初始的原链接找不到了)

      四、基础plot方法

      将pos位置叠加,按照点图的思路绘制即可。

      参考资料:

      https://cran.r-project.org/web/packages/qqman/qqman.pdf

      https://github.com/YinLiLin/R-CMplot

      https://d.cosx.org/d/109583-109583

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