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      • R语言包的安装和管理总结

      R语言包的安装和管理总结

      • 发布者 weinfoadmin
      • 分类 未分类
      • 日期 2021年9月9日
      • 评论 0评论

      专题介绍:R是一种广泛用于数据分析和统计计算的强大语言,于上世纪90年代开始发展起来。得益于全世界众多 爱好者的无尽努力,大家继而开发出了一种基于R但优于R基本文本编辑器的R Studio(用户的界面体验更好)。也正是由于全世界越来越多的数据科学社区和用户对R包的慷慨贡献,让R语言在全球范围内越来越流行。其中一些R包,例如MASS,SparkR, ggplot2,使数据操作,可视化和计算功能越来越强大。R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。R作为一种统计分析软件,是集统计分析与图形显示于一体的。它可以运行于UNIX、Windows和Macintosh的操作系统上,而且嵌入了一个非常方便实用的帮助系统,相比于其他统计分析软件,R的学术性开发比较早,适合生物学和医学等学术学科的科研人员使用。

      这是我的第61篇原创文章,关于R语言。

      阅读完本文,你可以知道:

      1R语言包的来源

      2R语言包的安装和管理方法






      我在使用R语言做数据科学工作中,经常会使用到各种R包。而这些R包的主要来源三个地方。


      1. CRAN提供的R包(绝大多数R包可以在这里找到)

      2. Github提供的R包(有些R包,作者是发布在Github上面,尤其是最新版本)

      3. Bioconductor提供的R包(它为分析和理解高通量的基因组数据提供了工具)


      一 R包的安装方式

      方式一:在线安装

      方式二:本地化安装


      二 针对不同R包来源的安装

      1 CRAN提供的R包

      我们可以直接使用

      install.packages(‘packagename’)

      进行在线安装,若是网络访问正常的情况,会把这个包以及依赖包一并安装完毕。一些常用的R包,采用这种方法都可以成功安装。

      或者

      安装pacman包,一个对R包进行管理的R包,在写R代码时,若是加载R包没有事先安装,就会提前安装,然后再加载。

      使用模板如下:

      if(!require(pacman)){
        install.packages('pacman')
        require(pacman)
      }
      p_load(tidyverse, caret)


      2 Github提供的R包

      采用devtools::install_github()进行在线安装。

      需要注意两点

      1)先要下载和安装好Rtools软件,它是用于在Windows系统上对R包做Build处理的。

      2)先安装好devtools包

      若是无法在线安装,就进行本地化安装,可以阅读这篇文章:《R语言本地化安装github上的包》。


      3 Bioconductor提供的R包

      1)安装BiocMannger包

      2)BiocManager::install(‘package_name’),在线安装Bioconductor提供的R包。


      参考资料:

      1http://www.bioconductor.org/

       

      关于R语言包的安装和管理总结,您有什么问题请留言。


      需要深入交流或者英文电子书《Practical Data Science With R-2020》,请加我的微信:luqin360。备注:实名+工作或者专业,否则不会通过。


      数据思考与践行



      PDFMV框架系列文章

      1一个数据人的2019

      2PDFMV框架

      3PDFMV框架的P

      4PDFMV框架的D

      你点的每个在看,我都认真当成了喜欢

      请关注“恒诺新知”微信公众号,感谢“R语言“,”数据那些事儿“,”老俊俊的生信笔记“,”冷🈚️思“,“珞珈R”,“生信星球”的支持!

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