用 python 画个火山图

患得患失

1引言

带大家尝试用 python 画一个火山图, 当然只是尝试,效果将就一下。

测试数据已上传到 QQ 群文件夹!

2读取差异表格数据

# 导入模块
import numpy as np
import pandas as pd

# 1.读取测试数据
data=pd.read_csv('C:/Users/admin/Desktop/limma_res.csv')

# 2.查看数据
data.head()

3筛选差异基因

# 3.尝试写循环筛选上下调基因分类赋值给 "up" 和 "down" 和 "nosig" 加入pvalue条件
data.loc[(data.logFC>1)&(data.PValue<0.05),'type']='up'
data.loc[(data.logFC<-1)&(data.PValue<0.05),'type']='down'
data.loc[(abs(data.logFC)<=1)|(data.PValue>=0.05),'type']='nosig'

# 4.查看数据
data.head()

4统计个数

# 5.统计个数
data.type.value_counts()

nosig    57603
down       259
up         189
Name: type, dtype: int64

5绘图

# 6.画个火山图试试

# 载入绘图需要的模块
import seaborn as sns
import math
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib as mpl
%matplotlib inline

# 对PValue取个-log10对数
data['pvalue']=-data.PValue.apply(math.log10)

# 查看
data[['logFC','PValue','type','pvalue']].head()

绘图:

# 先设置一下自己的颜色
colors = ["#01c5c4","#ff414d", "#686d76"]
sns.set_palette(sns.color_palette(colors))

# 绘图
ax=sns.scatterplot(x='logFC', y='pvalue',data=data,
                hue='type',#颜色映射
                edgecolor = None,#点边界颜色
                s=8,#点大小
                )
# 标签
ax.set_title("Python vocalno")
ax.set_xlabel("log2FC")
ax.set_ylabel("-log10(pvalue)")

#移动图例位置
ax.legend(loc='center right', bbox_to_anchor=(0.95,0.76), ncol=1)

6保存

# 7.保存图片
fig = ax.get_figure()
fig.savefig('./python_vocalno.pdf')

7用 ggplot 画

# 导入ggplot
from ggplot import *

# 绘图
ggplot(data,aes(x = 'logFC', y = 'pvalue',color = 'type')) +
    geom_point(alpha = 0.5,size = 35) +
    scale_color_manual(values = ('blue','grey','red')) +
    theme_xkcd()

感觉画图还是没有 R 方便。

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