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      • 介绍一个新的基线特征表绘制R包

      介绍一个新的基线特征表绘制R包

      • 发布者 jiangxingyu
      • 分类 未分类
      • 日期 2022年7月16日
      测试开头

      介绍一个新的基线特征表绘制R包

      临床研究中常需要绘制两组或多组患者(如非AKI组和AKI组)的基线特征表。

      下图就是临床中常见的基线特征表。

      介绍一个新的基线特征表绘制R包

      那么在R中怎么快速绘制绘制临床论文中的基线特征表1?

      前面我们介绍了tableone包、compareGroups包、CBCgrps包绘制基线特征表的教程。

      今天介绍一个新的绘制基线表的包——DemographicTable包,这个包是国人开发的。

      1. 安装和加载R包

      可以直接从CRAN上安装,但是好像要求R版本在4.2以上。

      install.packages("DemographicTable")
      library(DemographicTable)

      2. 加载示例数据演示

      使用colon数据集进行演示,数据集收集了B/C 期结肠癌患者辅助化疗后的生存时间数据。

      library(tidyverse)
      library(survival)
      colon <- select(colon, 4:10)
      head(colon, 10)
      介绍一个新的基线特征表绘制R包

      处理下数据,将部分变量转换为分类变量。

      # 选中需要转化为因子的变量
      vars <- c("sex","status", "obstruct", "perfor", "adhere", "etype", "differ", "extent", "surg", "node4")
      # 使用lapply() 批量转化为因子
      colon[vars] <- lapply(colon[vars], factor)
      str(colon) # 查看数据结构
      介绍一个新的基线特征表绘制R包

      3. 绘制简单基线特征表

      绘制基线特征表使用DemographicTable()函数。

      绘制简单的基线特征表直接将数据集放在函数中即可。

      DemographicTable(colon)
      介绍一个新的基线特征表绘制R包

      直接在RStudio软件的Viewer界面生成基线特征表数据。

      连续变量的结果包括均值±标准差、中位数和四分位间距、极值等信息;分类变量包括不同水平的例数和比例。

      4. 添加分组变量

      同样可以添加分组变量来看不同组别之间的统计学描述。

      这里使用分组变量status。

      DemographicTable(colon, groups = "status")
      介绍一个新的基线特征表绘制R包

      如上所示,输出了总人群、死亡与存活组人群的数据结果,最后一列还输出了两组人群的统计学差异以及统计检验的方法,带星号表示P值<0.05。

      但是上面的分类变量使用的是fisher精确检验,用SPSS软件跑了下,应该使用卡方检验就可以了吧。

      介绍一个新的基线特征表绘制R包

      5. 小细节修改

      可以使用data.name修改下第一列标题的名称。

      DemographicTable(colon, groups = "status",
                       data.name = substitute(variable))
      介绍一个新的基线特征表绘制R包

      6. 导出数据

      可以使用下面的代码导出结果数据到Word表格。

      # write to Word file
      library(flextable)
      library(officer)
      # 创建Word表格
      x = read_docx() |> body_add_flextable(value = as_flextable(DemographicTable(colon, groups = "status")))
      # 指定导出文件的路径
      (out = file.path("C:/Rdata", 'demotable.docx')) 
      # 输出表格
      print(x, target = out)
      介绍一个新的基线特征表绘制R包
      介绍一个新的基线特征表绘制R包

      这个函数的参数比较简单,其他可以使用keep_missing_group参数将变量中的缺失数据作为单独列显示;使用exclude参数指定哪些变量排除进入基线特征表;使用include参数指定纳入哪些变量进入基线特征表;使用overall参数指定是否创建总人群数据信息;使用compare 指定分组数据是否进行统计检验等等。

      参考资料

      1. DemographicTable帮助文件

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      测试结尾

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      jiangxingyu

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