使用R语言为学术出版制作高分辨率的图像
专题介绍:R是一种广泛用于数据分析和统计计算的强大语言,于上世纪90年代开始发展起来。得益于全世界众多 爱好者的无尽努力,大家继而开发出了一种基于R但优于R基本文本编辑器的R Studio(用户的界面体验更好)。也正是由于全世界越来越多的数据科学社区和用户对R包的慷慨贡献,让R语言在全球范围内越来越流行。其中一些R包,例如MASS,SparkR, ggplot2,使数据操作,可视化和计算功能越来越强大。R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。R作为一种统计分析软件,是集统计分析与图形显示于一体的。它可以运行于UNIX、Windows和Macintosh的操作系统上,而且嵌入了一个非常方便实用的帮助系统,相比于其他统计分析软件,R的学术性开发比较早,适合生物学和医学等学术学科的科研人员使用。
问题提出
我们做学术研究,时常需要把大部分结果做可视化,便于总结,分享和传播。我们如何制造能够符合学术出版的高分辨率图形呢?
解决方法
学术出版物,为图形的格式化有明确的要求,经常用的图形格式:TIFF格式,EPS格式或者PDF格式,其他图形格式不提倡,甚至是不允许,因为存在图形的压缩或者失真。
使用R语言制造高分辨率的图像
1 数据准备
x1 <- seq(-3.14, 3.14, length.out = 100)
y1 <- sin(x1)
2 制造TIFF格式图片
tiff("plot1.tiff", width = 4, height = 4, units = 'in', res = 300)
plot(x1, y1)
invisible(dev.off())
3 制造EPS格式
cairo_ps('plot2.eps')
plot(x1, y1)
invisible(dev.off())
EPS格式的图片可以直接插入Word里面显示
4 制造PDF格式
pdf('plot3.pdf', width = 4, height = 4)
plot(x1, y1)
invisible(dev.off())
或者
利用ggplot2包的函数ggsave()来制造上述格式的图片,参考代码如下。
# 使用R语言自带的women数据集
pic <- ggplot(data = women, aes(x = height, y = weight)) +
geom_point() +
theme_classic()
print(pic)
# 数据保存
ggsave('pic1.tiff', plot = pic, height = 5, width = 5, units = 'in', dpi = 600)
ggsave('pic2.eps', plot = pic, height = 5, width = 5, units = 'in')
ggsave('pic3.pdf', plot = pic, height = 5, width = 5, units = 'in')
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