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      • R代码|基于特征重要性的特征排序代码

      R代码|基于特征重要性的特征排序代码

      • 发布者 weinfoadmin
      • 分类 未分类
      • 日期 2021年9月9日
      • 评论 0评论

      专题介绍:R是一种广泛用于数据分析和统计计算的强大语言,于上世纪90年代开始发展起来。得益于全世界众多 爱好者的无尽努力,大家继而开发出了一种基于R但优于R基本文本编辑器的R Studio(用户的界面体验更好)。也正是由于全世界越来越多的数据科学社区和用户对R包的慷慨贡献,让R语言在全球范围内越来越流行。其中一些R包,例如MASS,SparkR, ggplot2,使数据操作,可视化和计算功能越来越强大。R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。R作为一种统计分析软件,是集统计分析与图形显示于一体的。它可以运行于UNIX、Windows和Macintosh的操作系统上,而且嵌入了一个非常方便实用的帮助系统,相比于其他统计分析软件,R的学术性开发比较早,适合生物学和医学等学术学科的科研人员使用。

      前言:

      我根据自己的科研方向和实际工作,在利用R语言解决数据,特征和模型三方面的问题时,会搜集到一些R代码,利用【R语言】公众号将其整理和归总,分享给大家。一方面,希望这些R代码能够对大家解决实际问题有帮助或者启示;另一方面,也希望大家尝试从R代码中学习和应用R语言。


      提示:需要加入R语言群的朋友,请扫码加我微信,备注入群即可。



      基于特征重要性的特征排序代码。

      这个代码可以用于指导特征选择,特征选择的策略:

      1)Top-N策略;2)Top-percent策略。


      # 导入R库
      library(mlbench)
      library(caret)

      # 加载数据集
      data(PimaIndiansDiabetes)

      # 设置训练的控制参数,利用10-折交叉验证的方法
      control <- trainControl(method="cv", number=10)

      # 训练模型
      model <- train(diabetes~., data=PimaIndiansDiabetes, method="lvq", preProcess="scale", trControl=control)

      # 评估变量的变量重要性
      importance <- varImp(model, scale=FALSE)

      # 重要性描述结果
      print(importance)

      # 重要性可视化
      plot(importance)

      结果和可视化如下:

      # load the libraries
      library(mlbench)
      library(caret)

      # load the dataset
      data(iris)

      # prepare training scheme
      control <- trainControl(method="cv", number=10)

      # train the model
      model <- train(Species~., data=iris, method="lvq", preProcess="scale", trControl=control)

      # estimate variable importance
      importance <- varImp(model, scale=FALSE)

      # summarize importance
      print(importance)

      # plot importance
      plot(importance)

      结果和可视化如下:

      代码源自:

      https://setscholars.net/2019/10/25/how-to-rank-feature-with-importance-in-r-feature-selection-in-r/

      关于这段代码,你有什么想法或者问题,请扫码加我微信,大家交流和讨论。

      请关注“恒诺新知”微信公众号,感谢“R语言“,”数据那些事儿“,”老俊俊的生信笔记“,”冷🈚️思“,“珞珈R”,“生信星球”的支持!

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