再玩批量重命名

测试开头

今天是生信星球陪你的第405天

大神一句话，菜鸟跑半年。我不是大神，但我可以缩短你走弯路的半年~

就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~

这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！

需求

修改500多个文件名，它们是公司返回的测序结果。
先看一下这些文件名

head(dir())

## [1] "100-1__M13F__C04_1907180211J.seq" "100-2__M13F__D04_1907180212J.seq"
## [3] "100-3__M13F__E04_1907180213J.seq" "100-4__M13F__F04_1907180214J.seq"
## [5] "100-5__M13F__G04_1907180215J.seq" "100-6__M13F__H04_1907180216J.seq"

tail(dir())

## [1] "96-6-(M13F)(2019-06-30 0457).seq" "96-7-(M13F)(2019-06-30 0458).seq"
## [3] "96-8-(M13F)(2019-06-30 0459).seq" "96-9-(M13F)(2019-06-30 0460).seq"
## [5] "rename.rmd"                       "test.Rproj"

改成xxx-x.seq即可，注意该文件夹下的其他文件不能一起处理，因此要给dir加上参数pattern 。

思路

1.字符串处理，生成新的文件名，然后用file.rname实现重命名。
参考这个代码：

for (i in 1:length(test)) {
     file.rename(test[[i]],y[[i]])
}

参考链接：https://www.jianshu.com/p/d90aeb85459d
2.肉眼可见，这些文件分为两种命名格式，我们需要的信息是前面的xxx-x，后面都是无用的，所以可以字符串分割，取第一部分。
3.需要条件控制，需要一个逻辑值，可用str_detect()

代码实现

if (!require("stringr")) install.packages("stringr")
library(stringr)

先用一个文件名作示例：

x=dir()[556]
str_split(x,"-\(")[[1]][1]

## [1] "96-7"

y=dir()[1]
str_split(y,"__")[[1]][1]

## [1] "100-1"

要分情况讨论，用ifelse，就需要一个逻辑值

str_detect(dir(pattern = "*.seq"),"\(")

验证一下它是否可以准确讲文件名分为两类：

table(str_detect(dir(pattern = "*.seq"),"\("))
## 
## FALSE  TRUE 
##   154   404

table(str_detect(dir(pattern = "*.seq"),"__"))

## 
## FALSE  TRUE 
##   404   154

新的命名，xxx.x.seq,需要用paste0连接一下,可以写成函数。

new_name <- ifelse(str_detect(dir(pattern = "*.seq"),"\("),
                   paste0(str_split(x,"-\(")[[1]][1],".seq"),
                   paste0(str_split(y,"__")[[1]][1],".seq"))
head(new_name)

## [1] "100-1.seq" "100-1.seq" "100-1.seq" "100-1.seq" "100-1.seq" "100-1.seq"

这个代码实在是长，写成函数：

new_name <- function(i){
  ifelse(str_detect(i,"\("),
         paste0(str_split(i,"-\(")[[1]][1],".seq"),
         paste0(str_split(i,"__")[[1]][1],".seq"))
  }
new_name(dir()[554])

## [1] "96-5.seq"

大招

file.rename(x,new_name(x))
fo <- dir(pattern = "*.seq")
for (i in 1:length(fo)){
  file.rename(fo[[i]],
              new_name(fo[[i]])
              )
}
head(dir())
#[1] "100-1.seq" "100-2.seq" "100-3.seq" "100-4.seq" "100-5.seq"
#[6] "100-6.seq"