再玩批量重命名
今天是生信星球陪你的第405天
大神一句话,菜鸟跑半年。我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~
就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~
这里有豆豆和花花的学习历程,从新手到进阶,生信路上有你有我!
需求
修改500多个文件名,它们是公司返回的测序结果。
先看一下这些文件名
head(dir())
## [1] "100-1__M13F__C04_1907180211J.seq" "100-2__M13F__D04_1907180212J.seq"
## [3] "100-3__M13F__E04_1907180213J.seq" "100-4__M13F__F04_1907180214J.seq"
## [5] "100-5__M13F__G04_1907180215J.seq" "100-6__M13F__H04_1907180216J.seq"
tail(dir())
## [1] "96-6-(M13F)(2019-06-30 0457).seq" "96-7-(M13F)(2019-06-30 0458).seq"
## [3] "96-8-(M13F)(2019-06-30 0459).seq" "96-9-(M13F)(2019-06-30 0460).seq"
## [5] "rename.rmd" "test.Rproj"
改成xxx-x.seq即可,注意该文件夹下的其他文件不能一起处理,因此要给dir加上参数pattern 。
思路
1.字符串处理,生成新的文件名,然后用file.rname实现重命名。
参考这个代码:
for (i in 1:length(test)) {
file.rename(test[[i]],y[[i]])
}
参考链接:https://www.jianshu.com/p/d90aeb85459d
2.肉眼可见,这些文件分为两种命名格式,我们需要的信息是前面的xxx-x,后面都是无用的,所以可以字符串分割,取第一部分。
3.需要条件控制,需要一个逻辑值,可用str_detect()
代码实现
if (!require("stringr")) install.packages("stringr")
library(stringr)
先用一个文件名作示例:
x=dir()[556]
str_split(x,"-\(")[[1]][1]
## [1] "96-7"
y=dir()[1]
str_split(y,"__")[[1]][1]
## [1] "100-1"
要分情况讨论,用ifelse,就需要一个逻辑值
str_detect(dir(pattern = "*.seq"),"\(")
验证一下它是否可以准确讲文件名分为两类:
table(str_detect(dir(pattern = "*.seq"),"\("))
##
## FALSE TRUE
## 154 404
table(str_detect(dir(pattern = "*.seq"),"__"))
##
## FALSE TRUE
## 404 154
新的命名,xxx.x.seq,需要用paste0连接一下,可以写成函数。
new_name <- ifelse(str_detect(dir(pattern = "*.seq"),"\("),
paste0(str_split(x,"-\(")[[1]][1],".seq"),
paste0(str_split(y,"__")[[1]][1],".seq"))
head(new_name)
## [1] "100-1.seq" "100-1.seq" "100-1.seq" "100-1.seq" "100-1.seq" "100-1.seq"
这个代码实在是长,写成函数:
new_name <- function(i){
ifelse(str_detect(i,"\("),
paste0(str_split(i,"-\(")[[1]][1],".seq"),
paste0(str_split(i,"__")[[1]][1],".seq"))
}
new_name(dir()[554])
## [1] "96-5.seq"
大招
file.rename(x,new_name(x))
fo <- dir(pattern = "*.seq")
for (i in 1:length(fo)){
file.rename(fo[[i]],
new_name(fo[[i]])
)
}
head(dir())
#[1] "100-1.seq" "100-2.seq" "100-3.seq" "100-4.seq" "100-5.seq"
#[6] "100-6.seq"
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