用循环刷刷刷读取一摞txt
今天是生信星球陪你的第369天
大神一句话，菜鸟跑半年。我不是大神，但我可以缩短你走弯路的半年~
就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~
这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！
花花写于2019.5.16，昨天写错了日期，一不小心穿越到了三千年后
问题
学员发给我一个压缩包，解压后是这样的。
他想用循环读取这里面的所有txt文件，因为他们都具有同样的格式。
后台回复“刷刷刷”，把脚本加数据一起发给你。
思路
文件有100多个，可以先获取文件名，然后用for循环逐一读取进来，作为列表的100多个元素。这就涉及到了列表逐一添加元素的操作。
代码走起
step1 获取所有txt的文件名，构建为一个向量
options(stringsAsFactors = F)
file_list=dir()
head(file_list)
#[1] "1.R" "2.R" "test.Rproj"
#[4] "ABCA6 .txt" "ABCA9 .txt" "ABHD11 .txt"
可以看到前三个是多余的，后面是要读取的文件名,所以去掉前三个。（本步骤根据实际情况删除元素）
file_list=file_list[4:length(file_list)]
head(file_list)
#[1] "ABCA6 .txt" "ABCA9 .txt" "ABHD11 .txt" "ACY1 .txt" "ADAMTS1 .txt"
#[6] "ADAMTS8 .txt"
然后就可以将这个向量为for循环的输入了。
step2 构建一个空的列表，用于存放结果数据
singlegene_list=list()
这个是代码的核心思想：
先生成这个列表，每经历一个循环就向该列表添加一个元素。
step3 for循环逐一读取文件，存放于列表中
循环之前，先读取一个文件先看看
test=read.table(file=file_list[[1]],sep="t",header=T)
head(test)
# ID ABCA6 Type
#1 TCGA-A6-5667-11A-01R-1723-07 0.2943319 Normal
#2 TCGA-AA-3514-11A-01R-A32Z-07 0.1297727 Normal
#3 TCGA-AZ-6598-11A-01R-1774-07 0.4491950 Normal
#4 TCGA-A6-2682-11A-01R-A32Z-07 0.2772076 Normal
#5 TCGA-AZ-6601-11A-01R-1774-07 0.3272965 Normal
#6 TCGA-AA-3522-11A-01R-A32Z-07 0.3742182 Normal
由于每个元素默认没有名字，所以给它命名，可以看到读取的dataframe第二列的列名就是基因名，可以作为列表的每个元素的名字,names是否添加 是可选的，根据实际情况决定。
names(singlegene_list)[[1]]=colnames(singlegene_list[[1]])[2]
两步都测试成功，可以放进循环了
for(i in 1:length(file_list)){
singlegene_list[[i]]=read.table(file=file_list[[i]],sep="t",header=T)
names(singlegene_list)[[i]]=colnames(singlegene_list[[i]])[2]
}
100多个文件也不要很久，秒秒钟读完了，可以看到，循环使用的i已经变成了132L，也就说明读取了132个文件了。
接下来要对这个列表做点什么统一操作，可以使用函数lapply了。不会用？大招：
?lapply
需要示例数据，请在“生信星球”公众号回复“刷刷刷”，把脚本加数据一起发给你。
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