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      • QPCR数据快速分析和绘图 — by shiny

      QPCR数据快速分析和绘图 — by shiny

      • 发布者 weinfoadmin
      • 分类 未分类, 老俊俊的生信笔记
      • 日期 2021年9月10日
      • 评论 0评论

      感谢老俊俊的大力支持。我们会每日跟新,欢迎您关注老俊俊的生信笔记。

      QPCR数据快速分析和绘图 — by shiny

      • 生物实验的前期基因表达预实验和后期实验的验证都需要用到RT-QPCR来进行相对定量检测,对于少量的基因和样本qpcr数据在excel表里简单处理即可。
      • 若检测基因数量多,样本量大,甚至需要一个至多个96/384孔板才能跑完,对于跑完的巨大数据的分析在excel里无疑十个头疼和痛苦的过程!

      • 1、有没有快速计算出表达量——绘图——统计分析的神器?
      • 2、最好是直接从原始数据就可以直接分析?
      • 3、统计结果,分析结果,绘图结果都能下载?
      • 有吗?有!

      QCPR基因表达量计算公式

      • 相对定量

      QCPR数据分析的R包

      • HTqPCR, ddCt 和 qpcrNorm等,不过他们需要特定的仪器产生的数据输入,数据读入较麻烦,小伙伴们也可以去尝试一下
      BiocManager::install("HTqPCR")
      BiocManager::install("ddCt")
      BiocManager::install("qpcrNorm")

      QPCR-explorer

      在zhoulab实验室的同学们不断使用和提出新的修改建议后,终于更新到version 3.1 版本了

      软件在线网址在文章最后

      使用示例和介绍

      • 首页基本介绍
      • 第二面板上传原始数据

      • 左边上传原始数据(txt/csv格式),右边可探索示例数据,看看原始数据样子

      接下来我们使用example1示例数据来分析

      • 选择要分析的样本名和基因名,这里全选

      然后来到QPCR Analysis面板的table面板

      • 在左侧面板设置好内参基因、对照组、复孔数量和检测基因数量后,table面板的4个table内容就都会出现

      • 1、第一个table是待分析的三列必要数据
      • 2、第二个分析好的的目的基因减去内参基因的dt值(最后一列),表格可以下载
      • 3、第三个table是挑选出来的对照组的数据
      • 4、第四个table是挑选出来的处理组的数据

      tips:如果左侧面板的Control in Group?选项为TRUE,那么对照组的数据也会在第四个table里,如果绘图需要把对照组也画进来,就选择 TRUE

      接下来点开Results tables面板

      • 第一个table的第三列FC就是已经计算好的相对于对照的相对表达量值,表格可直接下载,我们可以拿这个数据进入graphpad里绘图了!

      • 下面一个表格是对每个基因两个复孔的统计指标:数量,FC均值,标准差,标准误和置信区间

      接下来点开stastical Analysis面板

      两组之间的T test检验

      • 黄色和绿色板块可以进行两组或多组统计检验(T test、单因素Anova)
      • 首先,选择需要与对照组比较分析的基因名和样本名
      • 然后,绿色板块左侧就会展现两组之间比较的数据,点击submit
      • 绿色板块右侧展示统计结果,p值,每组的均值和置信区间

      多组之间的Anova检验——两两比较

      • 选择需要分析的基因名
      • Test choose 选择为anova
      • 绿色板块就会展现该基因的所有样本,然后submit
      • 绿色板块右侧展示两两样本之间的比较结果

      p值矫正方法默认是TukeyHSD,还可以选择pairwise.t.test,然后选择具体的矫正方法

      重点!所有处理组与对照组之间所有基因做T test

      来到粉色第三个板块,直接点击submit就可出结果,可下载

      第一列是基因名,group1是我们的对照组,group2是我们的比较组,我们直接看p值那一列和p.signif就行了,因为是T test,所以不需要矫正p值

      最后我们点击打开plot面板进行绘图

      • 默认画一个

      细节调整之坐标轴调整

      主题字体大小、Y轴标签大小、Y轴范围、刻度、XY轴样式、Y轴标签、绘图标题等等都可调整

      这样是不是好看一些了

      细节调整之颜色调整

      支持颜色盘19种颜色和自定义颜色

      细节调整之分面、改变基因和样本顺序

      支持对基因或样本分面画图,支持对基因和样本改变排列顺序

      按基因和样本进行分面展示

      对基因和样本改变排序,基因和样本顺序同时也能改变

      • 改变基因顺序
      • 改变样本顺序

      细节调整之errorbar显示、X轴标签旋转角度、图例大小等

      支持对X轴标签角度、errorbar显示、柱子边框颜色、粗细、图例大小设置

      细节调整之柱子宽度、errorbar宽度和粗细、图例位置等

      支持对柱子宽度、errorbar粗细和宽度、图例位置自定义

      细节调整之Y轴截断

      支持对Y轴多段截断、Y轴截断后刻度、截断图形相对高度设置


      在这我们可以下载pdf绘图结果,可设置下载的长度和宽度

      合并生物学重复分析

      如果我们的样本有生物学重复,假如每个基因测两个复孔,那么该基因是有四个值的,可以对生物学重复的样本名进行重命名再进行合并分析

      点开Results tables面板

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