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      • 听说你还不会 plot 函数?

      听说你还不会 plot 函数?

      • 发布者 weinfoadmin
      • 分类 未分类, 老俊俊的生信笔记
      • 日期 2021年9月10日
      • 评论 0评论

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      什么?我自己都不会?




      很多新入门的小朋友最开始接触画图的函数应该 plot 函数吧。对于还没学过 ggplot、ggpubr 等的高级绘图函数来说,plot 是最简单的选择。plot 函数是基础 R 包 graphics 里的函数,对于绘制一些简单基础的图形完全可以,想要绘制复杂一点的也是完全可以,不过麻烦一点,并没有 ggplot 那样高级绘图函数来的 那么方便 而已。

      但是对于已经 部分包装好 或者 部分定型 的函数而言,想要更加灵活的绘制图形可能还是需要 基础绘图函数 的帮助,比如绘制点、线、矩形、曲线等的组合图形。

      其实我也不怎么会用,平时主要用 ggplot 来绘图,并没有好好学习基础绘图函数的使用,还是得找个机会好好学习一下。

      1、plot 函数


      我们看看 plot 函数的参数:

      Usage
      ## Default S3 method:
      plot(x, y = NULL, # x和y坐标
           type = "p", # 图的类型
           xlim = NULL, ylim = NULL, # x、y的坐标轴范围
           log = "", # 对"x"、"y"或"xy" 取对数
           main = NULL, # 图的主标题
           sub = NULL, # 副标题
           xlab = NULL, ylab = NULL, # x、y轴标注
           ann = par("ann"), # 逻辑值,是否使用默认的x、y轴标注注释
           axes = TRUE, # 逻辑值,是否显示坐标轴, "xaxt" 或 "yaxt" 选择不显示对应坐标轴
           frame.plot = axes, # 是否显示图边框
           panel.first = NULL, # 表达式,在坐标轴设定后,在绘图之前添加图形,对于添加网格比较有用
           panel.last = NULL, # 同上,相反
           asp = NA, # y/x 的比例
           xgap.axis = NA, # x轴标签显示的距离
           ygap.axis = NA,# y轴标签显示的距离
           bty = 'o' # 图边框类型
           ... # 其它参数,见 par函数
           )

      经常用到的参数还有:

      col # 颜色
      bg # 图形背景色
      fg # 图形前景色
      pch # 点的形状
      cex # 字符或者形状大小
      lty # 线形
      lwd # 线粗细
      ...

      type 参数有以下几种:

      pch 参数如下:

      lty 线形如下:

      bty 参数有以下几种,参数名字和样式很像,比如’o’就是全封闭形,’c’就是 C 字形:

      # 绘制3x3的图
      par(mfrow = c(3, 3))
      # 参数类型
      bty = c('o','n','l', '7', 'c', 'u',']')
      # 绘图
      lapply(bty, function(x){
        plot(x = mtcars$mpg,y = mtcars$disp,
             main = paste('Box type is the ',x,' !',sep = ''),
             bty = x)
      })

      下面我们绘图看看:

      # 加载数据
      data("mtcars")

      # 绘制一行两列
      par(mfrow = c(1,1))
      # 绘图
      plot(x = mtcars$mpg,y = mtcars$disp,
           # 绘制点图
           type = 'p',
           # 主标题
           main = 'I am The main Title',
           # x坐标轴标签
           xlab = 'I am Xlab',
           # y坐标轴标签
           ylab = 'I am Ylab',
           # 点大小
           cex = 2,
           # 点形状
           pch = 19,
           # 点颜色
           col = 'red',
           # 绘制网格线
           panel.first = grid(8, 8,col = 'grey',lty = 1),
           # 绘制边框
           frame.plot = T,
      )

      # 添加网格
      grid(col = 'orange',lty = 1)

      看到我们第二次添加的网格线是按照刻度位置添加的,plot 函数里面的不是。

      adj 参数可以控制文字的 对齐方式 :

      # 绘制1x3的图
      par(mfrow = c(1, 3))
      # 参数类型
      adj = c(0,0.5,1)
      # 绘图
      lapply(adj, function(x){
        plot(x = mtcars$mpg,y = mtcars$disp,
             main = paste('adj is the ',x,' !',sep = ''),
             adj = x)
      })
      2、par 函数


      par 函数的参数很多,可以在 plot 之前进行参数设定,还可以使用par(no.readonly = TRUE) 来获取当前图的所有信息。

      par 函数主要包括 3 类参数:

      1、不可修改参数:

      “cin”, “cra”, “csi”, “cxy”, “din” 和 “page”

      2、只能通过 par 函数修改的参数:

      “ask”,”fig”, “fin”,”lheight”,”mai”, “mar”, “mex”, “mfcol”, “mfrow”, “mfg”,”new”,”oma”, “omd”, “omi”,”pin”, “plt”, “ps”, “pty”,”usr”,”xlog”, “ylog”,”ylbias”

      mfcol/mfrow 参数可以设置画板按几行几列分割,用来绘制多个图形。

      3、可被其它函数设置的参数:

      plot.default, plot.window, points, lines, abline, axis, title, text, mtext, segments, symbols, arrows, polygon, rect, box, contour, filled.contour 和 image

      参数介绍

      1、文字或字符大小:

      标签 含义
      cex 文字和符号大小
      cex.axis 坐标轴大小
      cex.lab 坐标轴标签大小
      cex.main 主标题大小
      cex.sub 副标题大小

      2、颜色

      标签 含义
      col 颜色
      col.axis 坐标轴颜色
      col.lab 坐标轴标签颜色
      col.main 主标题颜色
      col.sub 副标题颜色

      3、字体

      标签 含义
      font 字体样式:1 普通, 2 粗体, 3 意大利体, 4 粗意大利体. 5 符号
      font.axis 坐标轴字体
      font.lab 坐标轴标签字体
      font.main 主标题字体
      font.sub 副标题字体
      family 字体家族:有 “serif” “sans” “mono” 等

      4、坐标轴

      标签 含义
      las 坐标轴标签样式:0 平行,1 水平,2 和坐标轴垂直,3 竖直
      lend 线结尾形状:0 圆形,1 平头,2 方形
      tck/tcl 刻度长度,大于 0 向图内,负数向外
      xaxp/yaxp xy 轴刻度显示,c(x1, x2, n)/c(y1, y2, n)
      xaxs/yaxs xy 坐标轴是否延伸合适长度:r 延伸,i 不延伸
      xaxt/yaxt xy 坐标轴是否显示:n 不显示,s 显示
      xlog/ylog xy 坐标轴是否取对数
      par(mfrow = c(1,2))
      # 坐标轴延长
      plot(0:3,0:3,xaxs = 'r',yaxs = 'r')
      plot(0:3,0:3,xaxs = 'i',yaxs = 'i')
      par(mfrow = c(1,2))
      # 坐标轴是否显示
      plot(0:3,0:3,xaxt = 'l',yaxt = 'n')
      plot(0:3,0:3,xaxt = 'n',yaxt = 's')

      3、points 函数


      points 函数用来添加点:

      par(mfrow = c(1,1))
      # 建空画板
      plot(x = mtcars$mpg,y = mtcars$disp,type = 'n')
      # 添加点
      points(x = mtcars$mpg,y = mtcars$disp,
             # 形状
             pch = 22,
             # 边框颜色
             col = '#BF61F2',
             # 填充颜色
             bg = 'orange',
             # 大小
             cex = 3,
             # 边框线粗
             lwd = 2)

      4、lines 函数


      lines 函数可给图形添加线形:

      par(mfrow = c(1,1))
      # 建空画板
      plot(x = mtcars$mpg,y = mtcars$disp,type = 'n')
      # 添加线
      lines(x = mtcars$mpg,y = mtcars$disp,
            # 线形
            lty = 2,
            # 边框线粗
            lwd = 2,
            # 线颜色
            col = 'blue'
            )

      5、ablines 函数


      ablines 可以添加任意斜率和截距的线:

      par(mfrow = c(1,1))
      # 建空画板
      plot(x = mtcars$mpg,y = mtcars$disp,type = 'n')
      # 添加横线
      abline(h = 250, # Y轴位置
             lwd = 5,col = '#9FF048')

      # 添加竖线
      abline(v = 22.5, # Y轴位置
             lwd = 5,col = 'red')

      # 添加斜线
      abline(a = 100, # y轴截距
             b = 7, # 斜率
             lwd = 5,col = '#317CDE')

      6、axis 函数


      axis 函数用来给图形添加坐标轴。

      看看参数:

      Usage
      axis(side, # 绘制坐标轴的位置:1 底部,2 左边,3 上边,4 右边
           at = NULL, # 刻度线的位置
           labels = TRUE, # 是否显示刻度的文字标签,可以为和刻度数量一样额字符向量
           tick = TRUE, # 是否显示刻度
           line = NA, # 坐标轴距离边界绘制的行数
           pos = NA, # 绘制坐标轴的坐标位置
           outer = FALSE, # 是否绘制在绘图边距
           font = NA, # 文字的字体
           lty = "solid", # 线形
           lwd = 1, # 线粗
           lwd.ticks = lwd, # 刻度线粗
           col = NULL, # 线的颜色
           col.ticks = NULL, # 刻度线颜色
           hadj = NA, padj = NA, # 坐标轴文字(平行和垂直)标签的对齐方式
           gap.axis = NA, # 坐标轴标签显示间距
           ...)

      绘图练习:

      par(mfrow = c(2,2))
      # 建空画板
      plot(1:3,1:3,type = 'n')
      # 上方添加坐标轴
      axis(side = 3)

      # 建空画板
      plot(1:3,1:3,type = 'n')
      # 右方添加坐标轴
      axis(side = 4)

      # 建空画板
      plot(1:3,1:3,type = 'n')
      # 改变刻度
      axis(side = 3,at = seq(1,3,0.4))

      # 建空画板
      plot(1:3,1:3,type = 'n')
      # 添加刻度标签
      axis(side = 3,at = seq(1,3,0.5),labels = LETTERS[1:5])
      par(mfrow = c(2,2))
      # 建空画板
      plot(1:3,1:3,type = 'n')
      # 添加坐标轴远离图
      axis(side = 3,line = 2,lty = 6)

      # 建空画板
      plot(1:3,1:3,type = 'n')
      # 不显示刻度
      axis(side = 3,tick = F)

      # 建空画板
      plot(1:3,1:3,type = 'n',axes = F,frame.plot = T)
      # 改变轴线粗细,刻度粗细
      axis(side = 1,lwd = 3,lwd.ticks = 6)
      # 改变轴线颜色,刻度颜色
      axis(side = 2,col = 'red',col.ticks = 'blue')

      # 建空画板
      plot(1:3,1:3,type = 'n',axes = F,frame.plot = T)
      # 轴标签左对齐
      axis(side = 1,hadj = 0)
      # 轴标签居中对齐
      axis(side = 2,hadj = 0.5)
      # 轴标签右对齐
      axis(side = 3,hadj = 1)

      7、title 函数


      title 函数用来给图添加各种标题。

      看看用法:

      title(main = NULL, # 主标题
            sub = NULL, # 副标题
            xlab = NULL, # x轴标提
            ylab = NULL, # y轴标题
            line = NA, # 文字标签远离图的行数
            outer = FALSE, # 是否将图放在图边界外
            ...)

      绘图练习:

      par(mfrow = c(2,2))
      # 建空画板
      plot(1:3,1:3,type = 'n',axes = T,frame.plot = T,xlab = '',ylab = '')
      title(main = 'I am main title',
            sub = 'I am sub title',
            xlab = 'I am xlab',
            ylab = 't am ylab')

      # 建空画板
      plot(1:3,1:3,type = 'n',axes = T,frame.plot = T,xlab = '',ylab = '')
      title(main = 'I am main title',
            sub = 'I am sub title',
            xlab = 'I am xlab',
            ylab = 't am ylab',
            # 增加文字距离
            line = 3)

      # 建空画板
      plot(1:3,1:3,type = 'n',axes = T,frame.plot = T,xlab = '',ylab = '')
      title(main = 'I am main title',
            sub = 'I am sub title',
            xlab = 'I am xlab',
            ylab = 't am ylab',
            # 添加到图外
            outer = T)

      8、text 函数


      text 函数用来给图添加文字等注释信息。

      看看用法:

      Usage
      text(x, ...)

      ## Default S3 method:
       text(x, y = NULL, # 文字的坐标位置
           labels = seq_along(x$x), # 字符型量或者表达式
           adj = NULL, # 文字对齐方式
           pos = NULL, # 文字位置,会覆盖adj参数,1,2,3,4,分别对于:下左上右
           offset = 0.5, # 当指定pos后,控制文本标签的相对距离
           vfont = NULL,
           cex = 1, # 文字大小
           col = NULL, # 文字颜色
           font = NULL, # 字体
           srt = 0, # 文字旋转角度
           ...)

      绘图练习:

      par(mfrow = c(1,2))
      # 建空画板
      plot(1:3,1:3,type = 'n',axes = T,frame.plot = T,xlab = '',ylab = '')
      text(x = 2,y = 2,
           labels = 'I am text !',
           cex = 2,
           col = 'purple',
           srt = 45)

      # 建空画板
      plot(1:3,1:3,type = 'n',axes = T,frame.plot = T,xlab = '',ylab = '')
      # 对齐
      text(x = 2,y = 2,
           labels = 'I am text !',
           cex = 2,
           col = 'purple',
           adj = 0)

      9、mtext 函数


      mtext 函数也是添加文本注释的,不同的是在绘图区域外添加文本。参数和 text 函数基本一致。

      Usage
      mtext(text, # 需要添加的文本
            side = 3, # 添加的位置,1234分别对应下左上右
            line = 0, outer = FALSE,
            at = NA, # 指定文字显示的坐标轴位置
            adj = NA,
            padj = NA, # 和 adj 差不多感觉
            cex = NA, col = NA, font = NA, ...)

      绘图练习:

      par(mfrow = c(1,2))
      # 建空画板
      plot(1:3,1:3,type = 'n',axes = T,frame.plot = T,xlab = '',ylab = '')
      mtext(text = 'I am The bottom TEXT!',
            line = 2.5,col = 'red',
            side = 1)
      mtext(text = 'I am The top TEXT!',
            line = 2,col = 'blue',
            side = 3)

      # 建空画板
      plot(1:3,1:3,type = 'n',axes = T,frame.plot = T,xlab = '',ylab = '')
      mtext(text = 'I am The bottom TEXT!',
            line = -10,col = 'red',
            # 文字中心从1开始
            at = 1,
            side = 1)

      10、segments 函数


      segments 函数可以添加线段。

      用法:

      Usage
      segments(x0, y0, # 起始坐标
               x1 = x0, y1 = y0, # 终止坐标
               col = par("fg"), # 颜色
               lty = par("lty"), # 线形
               lwd = par("lwd"), # 线粗
               ...)

      绘图练习:

      par(mfrow = c(1,1))
      # 建空画板
      plot(1:3,1:3,type = 'n',axes = T,frame.plot = T,xlab = '',ylab = '')
      segments(x0 = 1.5,y0 = 1.5,
               x1 = 2.8,y1 = 3.0,
               col = '#1AC5F0',lty = 1,lwd = 3)
      11、symbols 函数


      symbols 函数可以添加符号。

      用法:

      Usage
      symbols(x, y = NULL, # 添加符号的位置
              circles, # 绘制圆形的半径
              squares, # 绘制方形的边长
              rectangles, # 绘制矩形,需要一个两列的matrix,第一列为宽,第二列为高
              stars, # 绘制星形,至少需要3列及以上
              thermometers, # 有点像温度计的形状,3或4列的matrix
              boxplots, # 绘制箱线图,5列的matrix
              inches = TRUE,
              add = FALSE, # 是否添加到已经存在的图形上
              fg = par("col"), # 图形颜色
              bg = NA, # 图形填充色
              xlab = NULL, ylab = NULL, main = NULL,
              xlim = NULL, ylim = NULL, ...)

      绘图练习:

      par(mfrow = c(1,2))
      # 建空画板
      plot(1:3,1:3,type = 'n',axes = T,frame.plot = T,xlab = '',ylab = '')
      # 绘制圆形
      symbols(x = 2,y = 2,
              add = T, # 添加到已有图形上
              circles = 0.5,
              fg = 'red',bg = '#FF7ABF')
      # 绘制方形
      symbols(x = 2,y = 2,
              add = F, # 新绘制图形
              squares = 0.5,
              lwd = 5,
              fg = 'green',bg = 'black')

      12、arrows 函数


      arrows 函数可以在图上添加箭头。

      用法:

      Usage
      arrows(x0, y0, # 箭头起始位置
            x1 = x0, y1 = y0, # 箭头终止位置
            length = 0.25, # 箭头头部边长度
            angle = 30, # 箭头张开角度
            code = 2, # 箭头类型
            col = par("fg"), # 箭头颜色
            lty = par("lty"), # 线形
            lwd = par("lwd"), # 线粗
            ...)

      绘图练习:

      par(mfrow = c(1,1))
      # 建空画板
      plot(1:3,1:3,type = 'n',axes = T,frame.plot = T,xlab = '',ylab = '')
      # 默认
      arrows(x0 = 2,y0 = 1,
             x1 = 1,y1 = 2.5,lwd = 3)
      # 箭头角度
      arrows(x0 = 2,y0 = 1,
             x1 = 2,y1 = 2.5,
             angle = 60,col = 'red',lwd = 3)
      # 箭头角度
      arrows(x0 = 2,y0 = 1,
             x1 = 3,y1 = 2.5,
             angle = 60,col = 'green',length = 0.3,code = 3,lwd = 3)

      13、rect 函数


      rect 函数可以绘制矩形。

      用法:

      Usage
      rect(xleft, ybottom, xright, ytop, # 矩形的左下右上的坐标位置
           density = NULL, # 用线条填充矩形
           angle = 45, # 线条角度
           col = NA, # 矩形填充色
           border = NULL, # 矩形边框颜色
           lty = par("lty"), # 线形
           lwd = par("lwd"), # 线粗
           ...)

      绘图练习:

      par(mfrow = c(1,2))
      # 建空画板
      plot(1:10,1:10,type = 'n',axes = T,frame.plot = T,xlab = '',ylab = '')
      # 颜色,线条
      rect(xleft = 2, ybottom = 2, xright = 8, ytop = 8,
           lwd = 3,lty = 5,col = 'orange',border = 'blue')

      # 建空画板
      plot(1:10,1:10,type = 'n',axes = T,frame.plot = T,xlab = '',ylab = '')
      # 斜线填充
      rect(xleft = 2, ybottom = 2, xright = 8, ytop = 8,
           density = 4,angle = 60)

      14、polygon 函数


      polygon 函数绘制多边形。

      用法:

      Usage
      polygon(x, y = NULL, # 多边形的xy坐标
              density = NULL, angle = 45,
              border = NULL, col = NA, lty = par("lty"),
              ..., fillOddEven = FALSE)

      绘图练习:

      par(mfrow = c(1,2))
      # 建空画板
      plot(1:10,1:10,type = 'n',axes = T,frame.plot = T,xlab = '',ylab = '')
      polygon(x = 1:9,y = c(1,8,4,6,9,3,5,8,1),
              col = '#A2FA73',border = 'black',lwd = 3)

      # 建空画板
      plot(1:10,1:10,type = 'n',axes = T,frame.plot = T,xlab = '',ylab = '')
      # 斜线填充
      polygon(x = 1:9,y = c(1,8,4,6,9,3,5,8,1),
              density = 3,angle = 60,
              col = '#A2FA73',border = 'black',lwd = 3)

      15、box 函数


      box 函数添加边框。

      用法:

      Usage
      box(which = "plot", # "plot", "figure", "inner" 和 "outer" 字符向量
          lty = "solid", # 线形
          ...)

      绘图练习:

      par(mfrow = c(1,1))
      # 建画板
      plot(1:7, abs(stats::rnorm(7)), type = "h", axes = FALSE)
      axis(1, at = 1:7, labels = letters[1:7])
      box(lty = 5, col = 'red')


      收官!


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