在线版shiny pheatmap!
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if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly=TRUE))
install.packages(“BiocManager”)
BiocManager::install("ComplexHeatmap")
install.packages("pheatmap")
sample1 |
sample2 | sample3 | sample4 | |
gene1 |
expression | expression | expression | expression |
gene2 |
expression | expression | expression | expression |
每次在R里画热图都得调代码上传数据,修改颜色也会麻烦一点,可以用shiny写个在线版的方便快速绘图,具体的参数可以参考pheatmap包的参考文档。
?pheatmap()
在线版pheatmap界面如下
这是登陆界面,账号和密码在我上一期中:用shiny在线创作火山图绘制App
接下来是登陆之后的界面
最上面有plot 和manual 选项,前者是画图,后者是使用说明,使用前最好先读一读参考手册。最左边板块主要是数据上传和参数调整,右边板块也是参数调整还有注释分组文件的上传,中间就是绘图区,顶部有四个选项:
分别是:
-
热图
-
上传数据
-
样本分组注释文件例子及上传数据
-
基因注释文件例子及上传数据
改颜色:
最后看看我们可以绘制出这样的热图:
看着效果还不错吧
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这个在线版的参数设置包含了pheatmap大部分的参数,画热图基本已经足够,具体使用方法跟着manual做就行了。
这个shiny程序的网址在 https://junjunlab.shinyapps.io/heatmap11/。
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