画风清奇的生信小菜鸟故事分享


生
信
故
事
一段妙妙的回忆
纪念 2020

花花的导读
今天跟大家分享一个优秀学员的故事,他从有要学生信的想法,开始摸索学习,到文章成功接收,总共历时8个月。期间参加了我们的入门学习小组,后来又参加了数据挖掘线上班,收获颇丰,结合网上丰富的资源和同门的帮助,完成了自己的文章。(直播课和学习小组长期开设,欢迎咨询报名)
生信入门学习班-第11期(线上直播4周,马拉松式陪伴,带你入门)
数据挖掘(GEO,TCGA,单细胞)第9期(线上直播3周,马拉松式陪伴,带你入门)
学生信,我们一直坚持长期主义,打好基础,主动学习和搜索才是唯一的正道。
这位优秀小伙伴的故事分享给大家,共勉~
1.起初只是一个想法
时光飞逝,岁月荏苒,伴随着套路化的开头,我决定记录下这一段妙妙的回忆。
一个好故事需要一个好的开头,但是关于生信学习的故事,具体的开始时间其实挺模糊的,但是可以确定的是,正式明白数据挖掘是什么,知道怎么主动去获取知识,是在接触了生信技能树和生信星球以后。所以,故事发生在2020年3月,某个因为疫情而封闭的居民小区里……
那时候的我是刚刚直博一年的医学生,学完了必修课程,本想春节过后开始在实验室一展身手,但是刚准备进入实验室就遇上了这次疫情危机,而且一下子就持续了几个月,似乎还越来越严重了。于是乎一个单纯的想法就出现了,“对!我要学生信!”。
因为之前有学习用R语言处理一些数据统计,再加上周围的人都把生信和R语言放在一起讨论……这一切让我有了一种基础优势,容易入门的错觉。
但是真的想要学习生信的时候才发现并不是那样,方向和思路比工具更重要。当我真的面对着铺天盖地的TCGA和GEO套路课,正版或盗版的生信自学教程的时候,就开始迷茫了:
“生信到底应该从哪个开始入门,或者说什么样的知识才是通用的,可持续化的,能让我能继续自学下去的。”
2.找到组织
然后啊,在挣扎了一个月后,按着网上的教程啃了半本R语言实战……头都要秃了的时候,我发现b站竟然有教学视频!(花花补充:视频免费,B站搜索生信技能树即可找到)是的,我和生信技能树是在b站相遇的,那个我用来看美剧的地方……
就很顺理成章地,我知道了技能树,生信星球,果子学生信,也知道了biobabble,然后继续头秃……
自学能力有限,有些东西搞不定啊……一旦卡住,后面的教程也不能继续了。就这样,用一种“玩泥巴”的学习方法,我艰难地知道了数据挖掘的基础套路,也知道了常规的一些通路分析,量化免疫细胞的方法,但是并不知道如何去具体应用。
就这样,一杯咖啡,一个笔记本,一砖一瓦地跟着视频,搭了一个摇摇欲坠的知识框架。
3.生信星球学习小组
时间很快又过了一个月,在2020年5月下旬的某一天,我发现生信星球在宣传学习小组!
激动的我立刻就加了花花的微信,然后打了一大段的自我介绍,说出了自学的难。
也就很荣幸加入了自学小组,开始了每日打卡的学习。其实跟着花花,我最大的收获并不是课程,而是有了一个可以询问大方向的人。
对那时候的我而言,大部分问题,难点并不是怎么处理,而是不知道是否存在已知的方向。就比如想研究通路变化,却不知道GSEA,GSVA之类的方法已经存在。
4.数据挖掘线上直播课
6月初,入门小组结束,知道了基础性的概念和逻辑后,学习就变的简单了,我开始根据需求去搜索相关的资源,开始跟着别人的文章进行复现,也明白了如何鉴别出自己真正需要的资源。
接下来的两个月就是跟着生信技能树的教学,一边构思着自己文章的思路,一边用相关的关键词在公众号或者简书上搜刮以往的历史资源,大部分的问题都是可以通过这种方式解决的。
当然啦,虽然是新手上路,但是俗话说“基础不牢,地动山摇”,为了防止自己练着练着走火入魔,这期间我还报名了技能树的线上直播课,一开始的时候有一种玩游戏进入了二周目的感觉(哈哈哈哈),就是知道教学进程的大致走向,然后主要的精力会放在一些以前没有注意的细节上,想让基础更加扎实。
但是学着学着就发现,诶不对啊,这么多以前不会的东西……于是又开始了新一轮的重新锻造。
不得不说,有人带着入门效率是真的高,之前摸爬滚打半天才搞定的东西,看着其他人一下子就获得了,说不出的羡慕,如果当时早一点知道,真的可以节省很多精力……
5.趁热打铁写文章
再后来,线上课的学习结束后,我想着能不能利用现有的水平,趁热打铁发一个文章试试手。
一来能通过实战的方式来强化记忆,二来可以在写文章的过程中,有目的性地去学习新的方法。因为水平还不足以写一篇从零开始的硬核生信,所以我选择了模块式模仿的策略,找了5分左右杂志常见的一些方法模块,结合临床问题,想到了一种新的模块组合方式。
这中间也有幸加入了生信星球的小群,认识了很多共同学习的朋友,有了交流和提问的渠道,这也让文章的进度提速了不少。这里强烈推荐sthda网站,里面的图片资源都非常美观,且容易上手。
就这样,一篇模仿型的生信文逐步成型了,接着在老板以及兄弟们的指导帮忙下,又花了一个月的时间,在9月底的时候我的第一篇文章总算投出。
抱着从高往低投的心态,我投的是我常看的一个期刊,影响因子大概4.8分左右……
运气比较好吧,一个月就收到了审稿意见,两个小修,12天修改时间。修回当天就通过了,顺利接收,幸福来得太突然哈哈哈。
6.结语
2020年11月24日,一共8个月的时间,从一窍不通的迷茫状态,到第一篇文章接收,时间过的真的很快。
Emmm本想写一个跌宕起伏,充满故事性的故事,但是一不小心写成了流水账。但是也算是……完整地描绘出了学习生信的一路过程吧。
现在回想起来,其实对一个初学者来说,生信最重要的不是计算机语言或者高深的统计学,而是明白该如何去寻找需要的资源。
知道基本生信概念、知道怎么寻找相关的算法和教学资料、知道哪些文章是值得自己模仿和反复研究的,更重要的是要有共同学习的组织和交流的渠道。
嗯,这就是一个生信小白在2020年的一个奇妙的经历,共勉。更妙的是,我交稿的时候发现这篇文章刚好有2020个字

刚才想写什么题目好,实在是纠结。想了个标题党的名字,8个月从0基础到发文章,算了算了。没有说出来重点,不是碎觉8个月就能发的,重点其实是中间的努力啊。
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