shiny VennDiagram

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在线火山图更新了！
网址：https://junjunlab.shinyapps.io/volcanoplot38/

进入正题：

韦恩图（venn plot）用来展示两个或多个集合的元素的 overlap 情况，有助于我们对特定的集合元素所具有的特征进行研究，也可以对不同分组变化的基因进行韦恩图展示。

“

绘制韦恩图的工具多种多样，有在线网页工具：

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/

http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html/

http://www.biovenn.nl/

http://www.deepvenn.com/

”

还有很多相关的 R 包，如 vennDiagram、ggvenn、ggvennDiagram 等，还有很多生物公司提供的免费云平台生信工具，R 包的话还是 vennDiagram 是使用最多的，这个包在 2018-03-28 发布在 cran 上面，功能也比较强大，它的参考手册就有 33 页，也非常感谢 Hanbo Chen 作者给我们提供了一个强大的 R 包。

如果集合个数太多的话，建议使用以下这种来展示数据的重叠与区别：

趁热打铁，干脆把这个 vennDiagram 包也写成在线版的吧！目前是 1.4 的版本。接下来大概介绍一下这个在线版的 vennDiagram。

网址是：https://junjunlab.shinyapps.io/vennplot14/ （不需要登录）

1.主界面

hint 是画图参数的提示，源自包作者发的文章的附件

2.可以选择上传数据或者直接粘贴数据，然后选择集合的数量：

3.每个不同集合的面板可以看到红色的按钮，点击打开，支持直接粘贴数据：还需要输入每个集合的组名，绘图区就在后面的白板里。

4.面板右边可以选择下载图片（pdf 格式）的宽度和高度，下面是下载图的按钮和韦恩图每个集合元素 overlap 情况的元素。 5.下载交集 list 看一下：第一行 a 和 b 是集合名称，values 是集合元素，下面的 TRUE 代表元素在这个集合，FALSE 代表不在这个集合。

vennDiagram 包里大部分的参数都在面板上可以调整，颜色、粗细、旋转角度、按比例绘图、线的类型、标题等等。具体的参数解释大家去看 vennDiagram 包的参考文档就行，或者直接在这里面尝试也可。有什么不懂的也可公众号里咨询。目前最多支持5个集合的 overlap。