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      • shiny VennDiagram

      shiny VennDiagram

      • 发布者 weinfoadmin
      • 分类 未分类, 老俊俊的生信笔记
      • 日期 2021年9月10日
      • 评论 0评论

      感谢老俊俊的大力支持。我们会每日跟新,欢迎您关注老俊俊的生信笔记。

      shiny VennDiagram

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      在线火山图更新了!
      网址:https://junjunlab.shinyapps.io/volcanoplot38/

      进入正题:

      韦恩图(venn plot)用来展示两个或多个集合的元素的 overlap 情况,有助于我们对特定的集合元素所具有的特征进行研究,也可以对不同分组变化的基因进行韦恩图展示。

      “

      绘制韦恩图的工具多种多样,有在线网页工具:

      • http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/
      • http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html/
      • http://www.biovenn.nl/
      • http://www.deepvenn.com/

      ”

      还有很多相关的 R 包,如 vennDiagram、ggvenn、ggvennDiagram 等,还有很多生物公司提供的免费云平台生信工具,R 包的话还是 vennDiagram 是使用最多的,这个包在 2018-03-28 发布在 cran 上面,功能也比较强大,它的参考手册就有 33 页,也非常感谢 Hanbo Chen 作者给我们提供了一个强大的 R 包。

      如果集合个数太多的话,建议使用以下这种来展示数据的重叠与区别:

      趁热打铁,干脆把这个 vennDiagram 包也写成在线版的吧!目前是 1.4 的版本。接下来大概介绍一下这个在线版的 vennDiagram。

      网址是:https://junjunlab.shinyapps.io/vennplot14/ (不需要登录)

      • 1.主界面

      hint 是画图参数的提示,源自包作者发的文章的附件

      • 2.可以选择上传数据或者直接粘贴数据,然后选择集合的数量:
      • 3.每个不同集合的面板可以看到红色的按钮,点击打开,支持直接粘贴数据:还需要输入每个集合的组名,绘图区就在后面的白板里。


      • 4.面板右边可以选择下载图片(pdf 格式)的宽度和高度,下面是下载图的按钮和韦恩图每个集合元素 overlap 情况的元素。 5.下载交集 list 看一下:第一行 a 和 b 是集合名称,values 是集合元素,下面的 TRUE 代表元素在这个集合,FALSE 代表不在这个集合。

      vennDiagram 包里大部分的参数都在面板上可以调整,颜色、粗细、旋转角度、按比例绘图、线的类型、标题等等。具体的参数解释大家去看 vennDiagram 包的参考文档就行,或者直接在这里面尝试也可。有什么不懂的也可公众号里咨询。目前最多支持5个集合的 overlap。

      演示示例

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