三维PCA图,放肆起来
测试开头





测试结尾
今天是生信星球陪你的第717天
大神一句话,菜鸟跑半年。我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~
就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~
这里有豆豆和花花的学习历程,从新手到进阶,生信路上有你有我!
几天不看,今天打开简书,发现被锁了16篇文章。虽然可以申诉可是复制粘贴网址16次我不愿意。。。。简书一直在走下坡路,广告越来越多,我早该找下家了,只不过是恋旧。豆豆找好下家了,他的博客已经有了不少东西:
https://www.jieandze1314.com/
(网址是狗粮,嘻嘻。)
包的名字叫pca3d,画图的函数也叫pca3d。这是cran上的包,安装直接使用install.packages。探索一下帮助文档就知道怎么用啦:
1.用R包自带的示例数据画
帮助文档写的就很棒,三分钟上手。
library(pca3d)
data( metabo )
先来一个二维的看看
pca <- prcomp( metabo[,-1], scale.= TRUE )
pca2d( pca, group= metabo[,1] )

## a bit more fancy:
## black background, white axes,
## centroids
三维的O(∩_∩)O,还能转。
pca3d( pca, group= metabo[,1] )
## [1] 0.3439618 0.4500414 0.2818377

黑色炫酷版本
pca3d( pca, group= metabo[,1],
fancy= TRUE,
bg= "black",
axes.color= "white", new= TRUE )

## [1] 0.3439618 0.4500414 0.2818377
## Creating new device
## Warning in rgl.texts(x = c(NEG = 1.65677370419365, POS = 2.61675926383187, :
## "bitmap" family only supports cex = 1
2.换个数据,内置数据集iris
pca <- prcomp( iris[,-5], scale.= TRUE )
pca2d( pca, group= iris[,5] )

## a bit more fancy:
## black background, white axes,
## centroids
可以跟着函数设定的参数,做一些美化。比如加个圈圈。
pca3d( pca, group= iris[,5],
show.ellipses = T,
#fancy= TRUE,
bg= "black",
axes.color= "white", new= TRUE )

好啦可以了,你自己玩吧。我上周末眼睛做了手术,放了一星期的鸽子。努力回归ing。。。
插个小广告!
答疑公告:生信星球答疑公告-2020年全年有效
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