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      单细胞RNA-seq测序

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      • 发布者 weinfoadmin
      • 分类 单细胞RNA-seq测序
      • 日期 2021年9月9日
      • 评论 0评论

      专题介绍:单细胞RNA-seq被评为2018年重大科研进展,但实际上这是老技术。2015年,商品化单细胞RNA测序流程已经建立,成果发表在Cell上。今年井喷式发文章,关注点那么高,是因为最近这项技术全面商品化了。

      10.1 Orchestrating Single-Cell Analysis with Bioconductor

      OSCA

      10.2 scRNA-seq Protocols

      • 10x Chromium
      • Single Cell Genomics Library Structure
      • SMART-seq2
      • CELL-seq
      • Drop-seq
      • UMI
      • STRT-Seq

      10.3 External RNA Control Consortium (ERCC)

      ERCCs

      10.4 scRNA-seq analysis tools

      Extensive list of software packages (and the people developing these methods) for single-cell data analysis:

      • awesome-single-cell

      Tallulah Andrews’ single cell processing scripts:

      • scRNASeqPipeline

      Various tools from 10x Genomics:

      • Cell Ranger
      • Space Ranger

      10.5 scRNA-seq public datasets

      • Hemberg group’s public datasets
      • scRNAseq R package – 64 public datasets

      专题:单细胞RNA-seq测序数据分析:

      • 1 About the course 关于单细胞测序跟练课程
      • 2 单细胞RNA-seq介绍
      • 3 Processing Raw scRNA-Seq Sequencing Data: From Reads to a Count Matrix处理scRNA-seq测序的原始数据:把读取的数据转化为计数矩阵
      • 5 scRNA-seq Analysis with Bioconductor
      • 6 Basic Quality Control (QC) and Exploration of scRNA-seq Datasets
      • 7 Biological Analysis
      • 8 Single cell RNA-seq analysis using Seurat
      • 9 scRNA-seq Dataset Integration
      • 10 Resources
      • 11 References
      • 单细胞RNA-seq测序分析-跟练
      • 谈谈单细胞测序那些事儿
      • 【单细胞技术贴】空间转录组与单细胞转录组的整合分析(上篇)
      • 【单细胞技术贴】空间转录组与单细胞转录组的整合分析(下篇)
      • 【单细胞数据分析】SCENIC 从单细胞数据推断基因调控网络和细胞类型

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      9 scRNA-seq Dataset Integration
      2021年9月9日

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      11 References
      2021年9月9日

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