geo配对样本差异基因的热图

这是配对样本差异分析后的热图
比普通的热图做了以下改变：

• 增加了配对信息；

• 调整热图矩阵列（样本）的顺序，使一个个体的前后展示在一起

• annotation多加一列；

• 给列分栏；

示例数据在生信星球公众号后台回复配对热图获得。

load("for_heatmap.Rdata")
#筛选上调下调最显著的各30个基因（数目可以自定义）
x=deg$logFC 
names(x)=deg$probe_id 
cg=c(names(head(sort(x),30)),
     names(tail(sort(x),30)))
#用arrange间接实现了配对画图，pre在前，post在后
library(pheatmap)
test = data.frame(gsm = colnames(exp),group_list,pairinfo)
test
#>         gsm group_list pairinfo
#> 1 GSM101299       post        1
#> 2 GSM101300       post        2
#> 3 GSM101301        pre        1
#> 4 GSM101302       post        3
#> 5 GSM101303        pre        2
#> 6 GSM101304        pre        3
library(dplyr)
col = (arrange(test,pairinfo,group_list))$gsm
od = match(col,colnames(exp))

# 数据准备好了就阔以画了
n=exp[cg,od]

annotation_col=data.frame(group= as.character(group_list)[od],
                          pair = as.character(pairinfo)[od])
rownames(annotation_col)=colnames(n) 

pheatmap(n,show_colnames =F,
         show_rownames = F,
         scale = "row",
         cluster_cols = F, 
         annotation_col=annotation_col,
         gaps_col = c(2,4)) 

这里之所以用arrange，是为了让pre在前，post在后，用向量的sort、order、str_sort等等尝试了，都没有实现。主要是因为post默认排在pre的前面，字符串好像没办法先按照字母倒序排列，再按照数字正序排列吧？

下面这个图也是同样的代码画出来滴。

快试试吧