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      • geo配对样本差异基因的热图

      geo配对样本差异基因的热图

      • 发布者 weinfoeditor
      • 分类 生信星球
      • 日期 2019年12月5日
      测试开头

       今天是生信星球陪你的第499天


         大神一句话,菜鸟跑半年。我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~

         就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~

         这里有豆豆和花花的学习历程,从新手到进阶,生信路上有你有我!

      花花写于19.12.4

      这是配对样本差异分析后的热图
      比普通的热图做了以下改变:

      • 增加了配对信息;

      • 调整热图矩阵列(样本)的顺序,使一个个体的前后展示在一起

      • annotation多加一列;

      • 给列分栏;

      示例数据在生信星球公众号后台回复配对热图获得。

      load("for_heatmap.Rdata")
      #筛选上调下调最显著的各30个基因(数目可以自定义)
      x=deg$logFC 
      names(x)=deg$probe_id 
      cg=c(names(head(sort(x),30)),
           names(tail(sort(x),30)))
      #用arrange间接实现了配对画图,pre在前,post在后
      library(pheatmap)
      test = data.frame(gsm = colnames(exp),group_list,pairinfo)
      test
      #>         gsm group_list pairinfo
      #> 1 GSM101299       post        1
      #> 2 GSM101300       post        2
      #> 3 GSM101301        pre        1
      #> 4 GSM101302       post        3
      #> 5 GSM101303        pre        2
      #> 6 GSM101304        pre        3
      library(dplyr)
      col = (arrange(test,pairinfo,group_list))$gsm
      od = match(col,colnames(exp))

      # 数据准备好了就阔以画了
      n=exp[cg,od]

      annotation_col=data.frame(group= as.character(group_list)[od],
                                pair = as.character(pairinfo)[od])
      rownames(annotation_col)=colnames(n) 

      pheatmap(n,show_colnames =F,
               show_rownames = F,
               scale = "row",
               cluster_cols = F, 
               annotation_col=annotation_col,
               gaps_col = c(2,4)) 
      geo配对样本差异基因的热图

      这里之所以用arrange,是为了让pre在前,post在后,用向量的sort、order、str_sort等等尝试了,都没有实现。主要是因为post默认排在pre的前面,字符串好像没办法先按照字母倒序排列,再按照数字正序排列吧?

      下面这个图也是同样的代码画出来滴。

      geo配对样本差异基因的热图

      快试试吧

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      测试结尾

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