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      • 画个CNS级别火山图!

      画个CNS级别火山图!

      • 发布者 weinfoadmin
      • 分类 未分类, 老俊俊的生信笔记
      • 日期 2021年9月10日
      • 评论 0评论

      感谢老俊俊的大力支持。我们会每日跟新,欢迎您关注老俊俊的生信笔记。

          上上回介绍到怎么用shiny制作在线火山图的大概过程,但很多小伙伴和小粉丝们()可能不熟悉怎么操作,这回带领大家一起画个very beautiful的volcano plot!来一波细致教学,全是细节!

          首先进入一下网页登录一下:

      在线版火山图
      https://junjunlab.shinyapps.io/volcanoplot38/

      界面是这样的:

      我们上传的数据长这样,格式为txt/csv:

      至少含有这四列,其他差异软件结果文件列名改成这样也可以:

      然后我们上传文件在table界面查看上传的数据:

      note:前面Summary界面是对数据每一列的统计指标,这里就不展示了

      默认画个图,点击submit:

      note:图例上已经标注了上下调和不显著的基因数量,根据阈值筛选,是不是很方便。

           


      默认纵坐标是500,横坐标是[-30,30],调成80,[-12,12]:

      坐标轴刻度也可以调整一下:

      把点调小一点,透明度调小一点:

      换个色系康康,这里展示了8种配色,小伙伴们自行探索:

      如果还满足不了的话进入Personalized面板自定义颜色:

      点击personalized submit默认画一个:

      随便在上面面颜色条里选颜色即可:

      回到Volcano plot面板:

      我们给上下调基因换个形状,不显著的形状不变,上调上三角形,下调菱形:

      动态实时显示每个点的信息(Plotly volcano面板),点击plotly Submit:

      鼠标放到哪个点上就会出现这个点的信息(基因名,log2FoldChange,-log10pvalue,上下调类型)

      接下来到了细节部分,标记基因名,还是回到Volcano plot面板:

      看到基因名和图例有重叠,调整图例位置:

      还可以调整圈圈实心还是空心、基因名大小、圈圈大小、基因名颜色、圈圈颜色:

      还可以调整箭头的长度、方向、箭头类型、箭头线的颜色和粗细:

      改变虚线的类型和粗细:

      感觉没有虚线也挺好看的:

      去掉图形边框,增大整体字体:

      偷偷把箭头又调整了一下:

      我们把鼠标放在图上会变成 “+“的形状,我们可以放大某个区域:

      submit一下:

      那要怎么回到原来的图呢?
      鼠标放在图里空白的位置双击一下,然后submit一下就还原了:

      还可以坐标轴转置:

      假如我们有不同类型的基因需要标注不同的颜色:

      圈圈的厚度调一下,颜色调一下:

      以上这些参数对于personalized volcano面板也适用!

      画个MA plot,submit一下:

      调整一下坐标轴,加个基因名:

      完美!

      下载保存火山图!

      ####

      具体说明参考maual面板:

      table面板可以查看显著性上调下调的基因,最后一列有标记:

      Filtertype output面板选择下载表格筛选类型,上下调一起或者分开:

      Download table面板下载表格:

      今天的分享就到这里了,敬请期待下一篇!

      最后欢迎大家使用和分享转发,您的点赞是对我的鼓励和肯定!

      如果觉得对您帮助很大,打赏一下吧!

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      用R提取代表转录本
      2021年9月10日

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      2021年9月10日

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