画个CNS级别火山图！

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    上上回介绍到怎么用shiny制作在线火山图的大概过程，但很多小伙伴和小粉丝们（）可能不熟悉怎么操作，这回带领大家一起画个very beautiful的volcano plot！来一波细致教学，全是细节！

    首先进入一下网页登录一下：

在线版火山图

https://junjunlab.shinyapps.io/volcanoplot38/

界面是这样的：

我们上传的数据长这样，格式为txt/csv：

至少含有这四列，其他差异软件结果文件列名改成这样也可以：

然后我们上传文件在table界面查看上传的数据：

note：前面Summary界面是对数据每一列的统计指标，这里就不展示了

默认画个图，点击submit：

note：图例上已经标注了上下调和不显著的基因数量，根据阈值筛选，是不是很方便。

     

默认纵坐标是500，横坐标是[-30,30]，调成80，[-12,12]:

坐标轴刻度也可以调整一下：

把点调小一点，透明度调小一点：

换个色系康康，这里展示了8种配色，小伙伴们自行探索：

如果还满足不了的话进入Personalized面板自定义颜色：

点击personalized submit默认画一个：

随便在上面面颜色条里选颜色即可：

回到Volcano plot面板：

我们给上下调基因换个形状，不显著的形状不变,上调上三角形,下调菱形：

动态实时显示每个点的信息（Plotly volcano面板），点击plotly Submit：

鼠标放到哪个点上就会出现这个点的信息(基因名，log2FoldChange，-log10pvalue，上下调类型）

接下来到了细节部分，标记基因名，还是回到Volcano plot面板：

看到基因名和图例有重叠，调整图例位置：

还可以调整圈圈实心还是空心、基因名大小、圈圈大小、基因名颜色、圈圈颜色：

还可以调整箭头的长度、方向、箭头类型、箭头线的颜色和粗细：

改变虚线的类型和粗细：

感觉没有虚线也挺好看的:

去掉图形边框，增大整体字体：

偷偷把箭头又调整了一下：

我们把鼠标放在图上会变成 “+“的形状，我们可以放大某个区域:

submit一下：

那要怎么回到原来的图呢？

鼠标放在图里空白的位置双击一下，然后submit一下就还原了：

还可以坐标轴转置：

假如我们有不同类型的基因需要标注不同的颜色：

圈圈的厚度调一下，颜色调一下：

以上这些参数对于personalized volcano面板也适用！

画个MA plot，submit一下：

调整一下坐标轴，加个基因名：

完美！

下载保存火山图！

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具体说明参考maual面板：

table面板可以查看显著性上调下调的基因，最后一列有标记：

Filtertype output面板选择下载表格筛选类型，上下调一起或者分开：

Download table面板下载表格：

今天的分享就到这里了，敬请期待下一篇！

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