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      • (测序)微生物基因组下载神器推荐:ncbi-genome-download

      (测序)微生物基因组下载神器推荐:ncbi-genome-download

      • 发布者 weinfoauthor
      • 分类 未分类
      • 日期 2020年2月21日
      • 评论 0评论

      今天向大家推介一个实用的工具,用来从NCBI的ftp直接下载指定物种范围的微生物基因组。https://github.com/kblin/ncbi-genome-download/blob/master/README.md

      比如说,你想下载全部NCBI的refseq的全体细菌基因组(默认是refseq参考序列数据库),默认的格式为genbank:

      ncbi-genome-download bacteria

      只要genbank数据库的全体真菌基因组(有关genbank和refseq数据库,请看生信人往期推送):

      ncbi-genome-download –section genbank fungi

      全体病毒的fasta序列:ncbi-genome-download –format fasta viral

      完成且为染色体水平的全体细菌基因组组装ncbi-genome-download –assembly-level complete,chromosome bacteria

      大多数情况下,我们也许只是要属于某一个属或种的基因组。那么我们需要指定明确的分类。

      ncbi-genome-download–genus”Streptomyces coelicolor,Escherichia coli” bacteria

      如果你有很多的taxonomy ID,那么可以把它们塞到一个文件里:

      ncbi-genome-download –taxid my_taxids.txt –assembly-level chromosome vertebrate_mammalian

      让我们用新冠病毒做个非常简单的测试。我们在NCBI的Taxonomy数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/)输入一个名字2019-nCoV,会得到如下界面

      只有一条结果,点进去:

      该页面最下方还显示了详细的物种分类层级

      新冠病毒属于冠状病毒科下面的贝塔冠状病毒的沙贝病毒亚属(Sarbecovirus)。我们要着重注意的信息是新冠病毒的物种ID为2697049 (图2)。接下来,执行以下命令:

      ncbi-genome-download –section genbank –taxid 2697049 viral

      注意,最后的viral必不可少,因为它告诉程序是在所有病毒里找寻(有个别分属真核生物和原核生物的物种有相同的属名)。

      打开基因组文件夹,就可以看到里面的genbank格式的文件已经准备就绪了。更多参数,大家可以通过—help查阅

      在该软件的主页,有详细的安装和使用说明。

      ncbi-genome-download的作者是来自丹麦技术大学(Technical University of Denmark)的生物信息学家Kai Blin。有趣的是,Blin还谦虚地表示,ncbi-genome-download借鉴了英国爱丁堡大学学者的程序:http://www.opiniomics.org/building-a-kraken-database-with-new-ftp-structure-and-no-gi-numbers/:Idea shamelessly stolen from Mick Watson’s Kraken downloader scripts that can also be found in Mick’s GitHub repo. However, Mick’s scripts are specific to actually building a Kraken database (as advertised)。

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