（未测试）R语言数据如何高效输出到文件中？

完成与网速的斗争之后，需要正确读取数据，即可进行后续的数据整理和分析了，而在数据挖掘过程中，最常见的数据格式应该就是类矩阵格式了(matrix和data.frame)，举个例子：

可见，expdata为一个行是基因、列是样本(GEO数据库中样本以GSM*编号)的表达谱矩阵。当然从TCGA数据库中得到的表达谱数据也是一样的格式。本文将讨论如何把expdata输出到文件中！

在此之前，我们需要明确一个知识点：

上示expdata中GSM*行，为其列名，基因名为expdata的行名，而行名、列名并非其矩阵中的行和列。例如，统计行数和列数时，是不包含GSM*行和基因名列的！

write.table() 是R中内置的输出函数，若将expdata指定输出到名为ExpData.txt的.txt文档中，则命令如下：

此时，在当前路径(R中使用函数 getwd() 可得)下即可生成ExpData.txt文件！如果我们用excel打开，会显示如下：

可见，行名和列名默认被输出，对应于 write.table() 函数中默认参数：

row.names = TRUE, col.names = TRUE

另外，很明显，上示格式跟我们的预期不一致，问题包括：

A、数据没有正常分列，即分隔符未正确设置！

B、数据中有双引号，不仅看起来别扭，在后续读取时可能还会造成麻烦，详见：

数据挖掘专题 | 读取GEO样本信息文件

对此，设置以tab键分割，且不输出引号：

write.table(expdata, "ExpData.txt", sep = "\t", quote = F)

整齐了，不过…好像，样本名似乎应该往右去一格，而左上顶格我习惯设置为”Symbol”。对此，先把行名并到矩阵内容中去作为第一列(注意，原本基因名称是矩阵的行名，并非其第一列)，然后将列名的第一个设置为”Symbol”，最后在输出的时候不输出行名(因为已经通过第一列输出了)：

expdata_out = cbind(rownames(expdata), expdata)
colnames(expdata_out)[1] = "Symbol"
write.table(expdata_out, "ExpData.txt", row.names = F, sep = "\t", quote = F)

如此，便达到了最终目的，不过，写的多了，就慢慢觉得这种写法略微复杂，因为…实际上就只是在左上顶格上加了个”Symbol”而已，硬生生的把一行写成了三行！

write.table中有参数可以解决这个问题吗？

通过 help(write.table) 查看函数的帮助文档可见col.names参数的描述如下：

either a logical value indicating whether the column names of x are to be written along with x, or a character vector of column names to be written.

即，col.names也可以是列名向量，是不是意味着可以…

col.names = c(“Symbol”, colnames(expdata))

对不起，不可以，报错：

Error in write.table(expdata, “ExpData.txt”, col.names = c(“Symbol”, colnames(expdata)), : ‘col.names’设定得不对

只能在输出之前完成数据整理，可以先将其转换为数据框(在构建数据框时即添加列名)，如下：

write.table(data.frame("Symbol" = rownames(expdata), expdata), "ExpData.txt", row.names = F, sep = "\t", quote = F)

这样看起来就简单高效多了。如果是借助其他R包的话，可以参考使用tidyverse的两个包tibble和readr，使用p_load进行包的安装加载，然后将表达谱输出到.csv文件中：

p_load(tibble, readr)
# 输出到txt
#as.data.frame(expdata) %>% rownames_to_column("Symbol") %>% write.table(., "ExpData.txt", row.names = F, sep = "\t", quote = F)
# 输出到csv
as.data.frame(expdata) %>% rownames_to_column("Symbol") %>% write_csv(., "ExpData.csv")

readr包中的write_csv函数，可以将结果直接输出到.csv格式的文件中，默认不输出行名及双引号：

This is about twice as fast as write.csv(), and never writes row names.

综上，我们给出了两种可以在一行脚本中完成数据高效输出的方法！