• 主页
  • 课程

    关于课程

    • 课程归档
    • 成为一名讲师
    • 讲师信息
    同等学历教学

    同等学历教学

    免费
    阅读更多
  • 特色
    • 展示
    • 关于我们
    • 问答
  • 事件
  • 个性化
  • 博客
  • 联系
  • 站点资源
    有任何问题吗?
    (00) 123 456 789
    weinfoadmin@weinformatics.cn
    注册登录
    恒诺新知
    • 主页
    • 课程

      关于课程

      • 课程归档
      • 成为一名讲师
      • 讲师信息
      同等学历教学

      同等学历教学

      免费
      阅读更多
    • 特色
      • 展示
      • 关于我们
      • 问答
    • 事件
    • 个性化
    • 博客
    • 联系
    • 站点资源

      未分类

      • 首页
      • 博客
      • 未分类
      • 这5个miRNA组成的肺鳞癌诊断基因集在tcga数据库能复现吗

      这5个miRNA组成的肺鳞癌诊断基因集在tcga数据库能复现吗

      • 发布者 weinfoshop
      • 分类 未分类
      • 日期 2020年5月28日
      • 评论 0评论

      该站部分文章来自网络,仅供学习分享,如有侵权,联系删除。

      该研究使用的是 CapitalBio 平台 (CapitalBio 公司)  芯片,非常清晰的研究思路;

      • 60+88个肺鳞癌病人肿瘤组织和癌旁的miRNA芯片表达矩阵,数据集在:GSE15008
      • 芯片是 CapitalBio 平台 (CapitalBio Corp.)  ,包含 924 mature mam- malian microRNA probes (including 677 human micro- RNA sequences)(现在miRBase数据库收录了1917条pre-miRNA(前体),以及2656条成熟的miRNAs。见:http://www.mirbase.org/ )
      • 使用主成分分析和支持向量机建模,拿到 minimal 5- element classifier (hsa-miR-210, hsa-miR-182, hsa-miR- 486-5p, hsa-miR-30a, and hsa-miR-140-3p) 可以很好的区分normal和tumor。
      • 生存分析发现:high expression of hsa-miR-31 was associated with poor survival
      • 分析hsa-miR-31 的靶基因,并且实验验证其中3个:DICER1, PPP2R2A, and LATS2,最后定位到DICER1 30-UTR

      大家可以尝试看看hsa-miR-31 的靶基因,是否有这3个基因,示意图如下:

      请关注“恒诺新知”微信公众号,感谢“R语言“,”数据那些事儿“,”老俊俊的生信笔记“,”冷🈚️思“,“珞珈R”,“生信星球”的支持!

      • 分享:
      作者头像
      weinfoshop

      上一篇文章

      欢迎定制 |可定量的单碱基分辨率m6A甲基化图谱
      2020年5月28日

      下一篇文章

      数据整理|miRNA-mRNA互作网络的输入数据
      2020年5月29日

      你可能也喜欢

      2-1675088548
      lncRNA和miRNA生信分析系列讲座免费视频课和课件资源包,干货满满
      30 1月, 2023
      9-1675131201
      如何快速批量修改 Git 提交记录中的用户信息
      26 1月, 2023
      8-1678501786
      肿瘤细胞通过改变CD8+ T细胞中的丙酮酸利用和琥珀酸信号来调控抗肿瘤免疫应答。
      7 12月, 2022

      留言 取消回复

      要发表评论,您必须先登录。

      搜索

      分类

      • R语言
      • TCGA数据挖掘
      • 单细胞RNA-seq测序
      • 在线会议直播预告与回放
      • 数据分析那些事儿分类
      • 未分类
      • 生信星球
      • 老俊俊的生信笔记

      投稿培训

      免费

      alphafold2培训

      免费

      群晖配置培训

      免费

      最新博文

      Nature | 单细胞技术揭示衰老细胞与肌肉再生
      301月2023
      lncRNA和miRNA生信分析系列讲座免费视频课和课件资源包,干货满满
      301月2023
      如何快速批量修改 Git 提交记录中的用户信息
      261月2023
      logo-eduma-the-best-lms-wordpress-theme

      (00) 123 456 789

      weinfoadmin@weinformatics.cn

      恒诺新知

      • 关于我们
      • 博客
      • 联系
      • 成为一名讲师

      链接

      • 课程
      • 事件
      • 展示
      • 问答

      支持

      • 文档
      • 论坛
      • 语言包
      • 发行状态

      推荐

      • iHub汉语代码托管
      • iLAB耗材管理
      • WooCommerce
      • 丁香园论坛

      weinformatics 即 恒诺新知。ICP备案号:粤ICP备19129767号

      • 关于我们
      • 博客
      • 联系
      • 成为一名讲师

      要成为一名讲师吗?

      加入数以千计的演讲者获得100%课时费!

      现在开始

      用你的站点账户登录

      忘记密码?

      还不是会员? 现在注册

      注册新帐户

      已经拥有注册账户? 现在登录

      close
      会员购买 你还没有登录,请先登录
      • ¥99 VIP-1个月
      • ¥199 VIP-半年
      • ¥299 VIP-1年
      在线支付 激活码

      立即支付
      支付宝
      微信支付
      请使用 支付宝 或 微信 扫码支付
      登录
      注册|忘记密码?