这5个miRNA组成的肺鳞癌诊断基因集在tcga数据库能复现吗
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该研究使用的是 CapitalBio 平台 (CapitalBio 公司) 芯片,非常清晰的研究思路;
- 60+88个肺鳞癌病人肿瘤组织和癌旁的miRNA芯片表达矩阵,数据集在:GSE15008
- 芯片是 CapitalBio 平台 (CapitalBio Corp.) ,包含 924 mature mam- malian microRNA probes (including 677 human micro- RNA sequences)(现在miRBase数据库收录了1917条pre-miRNA(前体),以及2656条成熟的miRNAs。见:http://www.mirbase.org/ )
- 使用主成分分析和支持向量机建模,拿到 minimal 5- element classifier (hsa-miR-210, hsa-miR-182, hsa-miR- 486-5p, hsa-miR-30a, and hsa-miR-140-3p) 可以很好的区分normal和tumor。
- 生存分析发现:high expression of hsa-miR-31 was associated with poor survival
- 分析hsa-miR-31 的靶基因,并且实验验证其中3个:DICER1, PPP2R2A, and LATS2,最后定位到DICER1 30-UTR
大家可以尝试看看hsa-miR-31 的靶基因,是否有这3个基因,示意图如下:


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