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获取数据

加载包

library(“GEOquery”)

获取相应数据

eset_geo<-getGEO(GEO = “GSE19826”,
getGPL = F,
destdir = “./”)

以下两行对数据格式进行整理

eset <-eset_geo[[1]]
eset <-exprs(eset)

展示部分数据

eset[1:5,1:5]

以下注释基因以及去除重复基因

加载注释库

head(anno_hug133plus2)

进行probe2symbol转化

eset<-anno_eset(eset = eset,
annotation = anno_hug133plus2,
symbol = “symbol”,
probe = “probe_id”,
method = “mean”)

展示部分数据

eset[1:5, 1:5]

查看注释信息

head(anno_illumina)