表达谱芯片数据下载以及探针转换
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获取数据
加载包
library(“GEOquery”)
获取相应数据
eset_geo<-getGEO(GEO = “GSE19826”,
getGPL = F,
destdir = “./”)
以下两行对数据格式进行整理
eset <-eset_geo[[1]]
eset <-exprs(eset)
展示部分数据
eset[1:5,1:5]
以下注释基因以及去除重复基因
加载注释库
head(anno_hug133plus2)
进行probe2symbol转化
eset<-anno_eset(eset = eset,
annotation = anno_hug133plus2,
symbol = “symbol”,
probe = “probe_id”,
method = “mean”)
展示部分数据
eset[1:5, 1:5]
查看注释信息
head(anno_illumina)
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