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      • 荧光定量(qPCR)结果整理的辅助小工具

      荧光定量(qPCR)结果整理的辅助小工具

      • 发布者 一览
      • 分类 未分类
      • 日期 2020年3月10日
      • 评论 0评论

      参考: https://www.jianshu.com/p/42ceb9dd21be

      写在前面

      荧光定量(qPCR)早已是各个分子生物学实验室常用的简单的实验技术。十年的变化很大。10年前(我大一)到实验室时,常规的pcr都不舍得加多0.2ul的rTaq,更不提跑一个qPCR就烧掉大几百的荧光定量。伴随着测序成本的降低和科研经费支持的增加(主要是说我们小打小闹的单位),qPCR实验天天都做,天天都要处理和分析数据。

      写这个小工具的动机

      针对qPCR数据的分析方法有两种,其中一种即为 2deltadelta….(具体请参考荧光定量PCR的随机手册)。虽然事实上,每台机器应该都会有随机软件可以用于分析,但可能多数人还是并不习惯或者喜欢使用该些软件。或许主要原因是….用起来太麻烦。
      三四年前,我记得我一直有喊师弟或者师妹去写一个脚本或者软件,这样会简化分析流程,可以省下很多时间。但或许,没有做过定量PCR的师弟或者师妹,并不会了解到,整理结果数据,是一件繁杂和痛苦的事情。
      近期,硕士课题组的师兄和师妹希望能有一个相对便捷的,整理qPCR结果的工具,恰好家里网络出了点问题,我便随手写了一个。

      小工具的使用

      输入数据

      需要的输入数据,只有三列,用制表符分隔,用户可以用Excel整理成以下形式,并另存为文本文件,或者直接新建一个txt文件,并黏贴进去后保存。

      数据说明:

      1. 第一行是标题行,可以省略
      2. 第一列是样本名称
      3. 第二列是看家基因的Ct值(比如Actin的…)
      4. 第三列是关注的基因的Ct值
      5. 示例数据中,每个样本是三个重复,而实际上可以无限个重复
      6. 重复可以不放在相邻的行

      注意,第一个样本,将会作为Control,亦即,可以预计,其计算结果为1

      使用工具

      打开工具

      拖拽或者通过摁钮选择,设置输入文件

      设置一个输出文件路径

      点击Start即可得到结果

      结果解读

      如上图,结果文件中:

      1. 第一行为标题行
      2. 第一列为样本信息
      3. 第三列为相对表达量均值
      4. 第四列为标准差

      直接输出图片

      顺手把可视化的也写上,毕竟用Excel加个误差棒还是有点麻烦。

      请关注“恒诺新知”微信公众号,感谢“R语言“,”数据那些事儿“,”老俊俊的生信笔记“,”冷🈚️思“,“珞珈R”,“生信星球”的支持!

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