用maftools一行代码画出瀑布图

转自：生物信息学习

瀑布图可以表达的信息很多，见下：

这个R包功能非常强大，可以做各种各样的图，今天就拿瀑布图为例，一行代码就可以画出瀑布图。

library(maftools)
laml.maf <- system.file("extdata", "tcga_laml.maf.gz", package = "maftools")
laml <- read.maf(maf = laml.maf)

maftools包自带测试数据LAML的MAF文件

做cancer的应该知道每个表示什么意思。

missense_mutation:错义突变
frame_shift_del：移码缺失突变
nonsense_mutation：无义突变
frame_shift_ins：移码插入突变
splice_site：剪接位点
in_frame_ins：inframe插入
in_frame_del：inframe缺失
translation_start_site:转录起始位点
nonstop_mutation：终止密码子突变

对数据做summay的各种图形，通过一行代码即可画出。

plotmafSummary(maf=laml)

最终图形展示：

当然可以通过参数来对图形做设置修改。
而瀑布图的做法更简单了，也是一行代码：

oncoplot(maf = laml)

如何画出某个pathway上oncogene的突变频率呢？也是一行代码解决。

PlotOncogenicPathways(maf = laml,pathways="RTK-RAS")

maftools还有更多的功能用法，欢迎大家投稿分享。

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