用maftools一行代码画出瀑布图
转自:生物信息学习
瀑布图可以表达的信息很多,见下:

这个R包功能非常强大,可以做各种各样的图,今天就拿瀑布图为例,一行代码就可以画出瀑布图。
library(maftools)
laml.maf <- system.file("extdata", "tcga_laml.maf.gz", package = "maftools")
laml <- read.maf(maf = laml.maf)
maftools包自带测试数据LAML的MAF文件

做cancer的应该知道每个表示什么意思。
missense_mutation:错义突变
frame_shift_del:移码缺失突变
nonsense_mutation:无义突变
frame_shift_ins:移码插入突变
splice_site:剪接位点
in_frame_ins:inframe插入
in_frame_del:inframe缺失
translation_start_site:转录起始位点
nonstop_mutation:终止密码子突变
对数据做summay的各种图形,通过一行代码即可画出。
plotmafSummary(maf=laml)
最终图形展示:

当然可以通过参数来对图形做设置修改。
而瀑布图的做法更简单了,也是一行代码:
oncoplot(maf = laml)

如何画出某个pathway上oncogene的突变频率呢?也是一行代码解决。
PlotOncogenicPathways(maf = laml,pathways="RTK-RAS")

maftools还有更多的功能用法,欢迎大家投稿分享。
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