生信技术:“LinkedOmics” TCGA第三方软件中的战斗机!
现如今,随着癌症研究的不断深入,以及测序的持续高温,TCGA在科研界中保持极高的曝光率。大量的科研人员利用TCGA数据库来帮助自己寻找感兴趣的靶点,或是对自己的科研成果进行验证。今天,小编给大家带来一个TCGA数据库的第三方online tools,叫做“LinkedOmics”,帮助大家更加方便的使用TCGA数据库。(http://www.linkedomics.org/login.php)
1.这个网站需要大家先去注册,但是注册非常的便捷,使用自己的邮箱即可。
2.直接选择所要研究的癌症类型(共有38种癌症),这里以甲状腺癌为例(Thyroid carcinoma)
3.选择你需要的数据类型,即研究的目标,如miRNA数据、mRNA数据、甲基化数据、突变位点等。这里注释了数据来源以及数据平台。小编想去看在TCGA数据中一个lncRNA H19的mRNA表达水平在甲状腺癌中的差异,所以选择了RNAseq的数据。
4.这一步是Optional的,是对样本的进一步筛选;
5.这一步在输入框中写上基因名字;
6.此处因为小编想看H19这个lncRNA的生存分析等结果,所以选择clincial的选项,统计方法选择非参数检验(Nonparametric tests);
7.如果大家是想去看和H19存在共表达的基因,或是查找被H19调控的miRNA的correlation,可以根据自己的需求,在上一步选择对应的数据类型;
8.点击递交后,页面会生成你所感兴趣的基因的分析结果
然后点击view,就会生成你所感兴趣的图。比如生存分析如下图所示:
这网站极其方便易学,不用我们去TCGA中费力的查找具体信息,希望可以帮助到大家,为你们的研究也带来便利。
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