生信技术：“LinkedOmics” TCGA第三方软件中的战斗机！

现如今，随着癌症研究的不断深入，以及测序的持续高温，TCGA在科研界中保持极高的曝光率。大量的科研人员利用TCGA数据库来帮助自己寻找感兴趣的靶点，或是对自己的科研成果进行验证。今天，小编给大家带来一个TCGA数据库的第三方online tools，叫做“LinkedOmics”，帮助大家更加方便的使用TCGA数据库。（http://www.linkedomics.org/login.php）

 

 

 

1.这个网站需要大家先去注册，但是注册非常的便捷，使用自己的邮箱即可。

 

 

 

 

 

2.直接选择所要研究的癌症类型（共有38种癌症），这里以甲状腺癌为例（Thyroid carcinoma）

 

 

 

 

 

3.选择你需要的数据类型，即研究的目标，如miRNA数据、mRNA数据、甲基化数据、突变位点等。这里注释了数据来源以及数据平台。小编想去看在TCGA数据中一个lncRNA H19的mRNA表达水平在甲状腺癌中的差异，所以选择了RNAseq的数据。

 

 

 

 

 

4.这一步是Optional的，是对样本的进一步筛选；

 

 

 

5.这一步在输入框中写上基因名字；

 

 

 

 

 

6.此处因为小编想看H19这个lncRNA的生存分析等结果，所以选择clincial的选项，统计方法选择非参数检验(Nonparametric tests)；

 

 

 

 

 

7.如果大家是想去看和H19存在共表达的基因，或是查找被H19调控的miRNA的correlation，可以根据自己的需求，在上一步选择对应的数据类型；

 

 

 

 

8.点击递交后，页面会生成你所感兴趣的基因的分析结果

 

 

 

 

 

然后点击view，就会生成你所感兴趣的图。比如生存分析如下图所示：

 

 

 

 

这网站极其方便易学，不用我们去TCGA中费力的查找具体信息，希望可以帮助到大家，为你们的研究也带来便利。