生信技术：CIRCpedia v2：circRNA注释及表达比较综合数据库（第二版）

该篇文章由上海生科院计算所杨力团队(德国马普计算生物学伙伴研究所 )最新在线发表在GBP上的数据库升级文章，文章题目为：CIRCpedia v2: An Updated Database for Comprehensive Circular RNA Annotation and Expression Compariso.本次更新内容包含六个不同物种的180多个RNA-seq数据进行circRNA注释，包括人类和小鼠间circRNA的保守分析，在线地址 http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia，允许用户搜索、浏览及下载各种细胞/组织类型的circRNA表达谱。

数据库概况

\1. CIRCpedia v2 的数据内容来源于Gene Expression Omnibus (GEO), Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) project, 及EMBL-European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)三大RNA-seq数据库，提供circRNA的注释及不同细胞系/组织的可变剪切事件注释。当前版本的CIRCpedia v2 总共包含185个数据集 (较上一版本更新86个)，包括 ribo–, poly(A)–, ribo–/RNase R, or poly(A)–/RNase R RNA-seq (Figure 1B)。更新的数据库中，39个来自于人类，27分小鼠，12个来源于果蝇，同时补充了两个其他物种，分别为6个ribo– 大鼠RNA-seq 及斑马鱼的一个ribo– RNA-seq和一个ribo–/RNase R RNA-seq。通过鉴定反向剪切接头位点，CIRCpedia v2提供BED格式的circRNA的注释文件、5‘可变反向剪切注释文件(A5BS) 、3’可变反向剪切注释文件(A3BS) ，总共涵盖262782条circRNA，39225个A5BS事件及34747个A3BS事件。

\2. 人类circRNA的注释同时使用CIRCexplorer2及MapSplice 两种程序，并通过LiftOver 分析整合人类及小鼠间circRNA保守性信息。根据每百万map片段上反向剪切接头的map片段数量 (FPM) 来计算circRNA的表达，并同时支持单端及双端测序数据。

\3. circRNA基因组位置等可视化通过内置JBrowse工具实现，不同细胞系中circRNA的差异表达数据可视化由Tool工具实现。

\4. 支持CSV格式文件下载，用于检索来自所选细胞系/组织和物种的circRNA和反向剪接事件的信息以进行后续分析。

用户向导

\1. 搜索框支持genomic locations, gene symbols, or CIRCpedia IDs (circIDs)三项在选定物种的某个/全部细胞系搜索。输入网页中提供的例子，人类基因组（hg38）中Chr9:135808487–135907224位置上的circRNA信息如下图，除图中显示的信息及数据来源外，还包括LiftOver工具对人类/小鼠间circRNA的保守性分析，MapSplice比对的注释信息及RNase R 处理以后变化倍数的富集结果。同时，A5BS和A3BS的输出文件，列出了物种，基因，亚型，位置，正反链信息，环化位点所占比例（percent circularized-site usage），及测序类型和细胞系的信息。输出文件格式包括JSON, XML, CSV, or TXT。同时对人类circRNA搜索结果提供可视化工具（下一步）及GeneCards网站上来源基因的鉴定信息。

\2. 上一步的搜索结果能够直接连接至内嵌网站的JBrowse进行可视化。面板的左边提供在9号染色体该位置上所有的能够鉴定的A3BS、A5BS、circRNA等信息，并通过，面板右边可视化体现，包括基因注释、RNA-seq数据集、circRNA注释和备选反向拼接事件，点击具体的图形能够获得详细序列。上方的工具栏中可以切换其他基因组。另外，单击JBrowse中给定circRNA的track，将对其表达值（FPM）以进行可视化。

\3. Tool工具能够根据circRNA基因组的位置对比其在不同细胞系中差异表达（FPM值），并提供两种表达数据可视化：热图和点图。

小结

\1. 首先CIRCpedia v2整合了185个RNA-seq数据集、260000多条转录组鉴定的circRNA，目前，人类数据上已使用CIRCexplorer2及MapSplice进行分析，并支持来源基因鉴定信息的搜索（GeneCards websites）。

\2. 介于很小比例的人类的circRNA (10%-20%) 同样出现在小鼠样本中，网站整合了LiftOver对两者间circRNA保守性分析的结果，结合JBrowse可视化工具，可对潜在环化位点附近的内含子序列特征进一步分析。

\3. CIRCpedia v2提供在线比较circRNA差异表达的可视化工具。

CIRCpedia v2是一个包含circRNA搜索，可视化，下载和在线分析功能的circRNA更新数据库，能够快速直观的搜索不同转录组测序数据中circRNA的具体信息及表达情况。随着鉴定工具多样化及RNA反向互补序列计算工具的引入，将进一步减少转录组数据预测的假阳性及丰富circRNA的下游分析。