欢迎定制：结合生信数据，挖掘外泌体研究套路

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今天跟大家解读一篇外泌体相关的文献，这篇文章同样综合了多个热点，包括干细胞、外泌体、小分子 RNA 和生信分析，是一篇非常适合学习的参考文献。

这篇是 2019 年发表在Molecular Therapy Nucleic Acids（IF：5.919）上题为《Bone Marrow Mesenchymal Stem Cell-Derived Exosomal MicroRNA-126-3p Inhibits Pancreatic Cancer Development by Targeting ADAM9》的文章。

研究背景

主要交待了几个方面的内容：

胰腺癌的背景

骨髓间充质干细胞 (BMSCs) 在胰腺癌治疗中的潜力；

BMSCs 来源的外泌体携带的 miRNA 在肿瘤中的作用；

miR- 126 – 3p 在肿瘤中的作用；

本研究的目的主要是研究 BMSCs 来源外泌体携带的 miR- 126 – 3p 在胰腺癌中的作用。

研究方法

作者首先是进行了 GEO 数据库挖掘筛选差异基因，利用 miRNA 靶基因预测网站预测靶基因。

然后在体外培养了胰腺癌细胞，并收集了 28 个胰腺癌患者的组织和 32 个胰腺炎患者的组织样本。通过质粒慢病毒转染胰腺癌细胞分别过表达或沉默 miR-126-3p、沉默 ADAM9，用双荧光素酶报告试验验证 miR-126-3p 和 ADAM9 的关系，做了 Edu 染色和 Transwell 迁移试验检测胰腺癌细胞的增殖、迁移和侵袭。

在体外培养 BMSCs，提取外泌体并进行电镜观察、NTA 分析和乙酰胆碱酯酶活性检测（AChE）。将胰腺癌细胞和 BMSCs 共培养，共聚焦显微镜观察，PCR 和 Western-blot 检测相关 RNA 和蛋白表达。

最后做了动物实验，进行 BMSCs 裸鼠体内移植。

研究结果

1. 生信数据挖掘发现 ADAM9 是 miR-126-3p 的靶基因

主要是分析了 GEO 数据库中的胰腺癌基因表达谱，做了韦恩图，用 R 软件 limma 包分析得到了 GEO 样本共有的差异表达基因 ADAM9, 然后通过 5 个 miRNA 靶基因预测网站（TargetScan , miRSearch, miRTarBase, miRWalk ,mirDIP；这几个网站的网址文中都作了注明）预测了 miRNA 的靶基因，发现 ADAM9 是 miR- 126 – 3p 的靶基因，用了 GEPIA 平台分析 ADAM9 基因表达和胰腺癌患者生存率之间的相关性

2. 胰腺癌组织中 miR- 126 – 3p 的表达是下降的。

主要是用 PCR 检测了胰腺癌细胞和组织中 miR- 126 – 3p 的表达。

3. 过表达 miR- 126 – 3p 能抑制胰腺癌细胞的增殖、迁移和侵袭，促进代谢。

这里面主要是分了 4 个组，miR-126-3p 过表达组和对照组、miR-126 -3p 沉默组和对照组，Edu 检测增殖、Transwell 试验检测迁移和侵袭, 流式细胞术检测凋亡率。

结果总结

本研究表明，BMSCs 来源的外泌体可以通过传递 miR-126-3p 靶向抑制 ADAM9 的表达，从而抑制胰腺癌的进展。

从这篇文章来看，重点要学习的几个点：

1. 生信数据挖掘分析

GEO 数据挖掘找差异基因，韦恩图制作，limma R 包分析差异基因，5 个 miRNA 靶基因预测网站。

2. 双荧光素酶报告试验

确定 miRNA 和预测的靶基因之间的直接关系

3. 细胞共培养技术

BMSCs 与疾病细胞的共培养

4. 外泌体释放抑制的方法，可以用抑制剂 GW4869 抑制细胞外泌体的释放。

5. 外泌体传递 miRNA 的研究套路

BMSCs 中的 miRNA 沉默与过表达，目的细胞靶基因的转染沉默。

6. 机制模式图的绘制

一张图总结研究结果，可以给你的文章加分很多。

另外，这篇文章如果凝练成基金课题，可以用下面的题目：

BMSCs 外泌体传递 miR- 126 – 3p 靶向调控 ADAM9 抑制胰腺癌进展的机制研究

如果想做大一点可以把 ADAM9 去掉，变成下面的题目：

BMSCs 外泌体传递 miR- 126 – 3p 抑制胰腺癌进展的机制研究

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