欢迎定制:结合生信数据,挖掘外泌体研究套路

本站资源来源于网络,仅作学习分享用,如侵权,请联系删除。
今天跟大家解读一篇外泌体相关的文献,这篇文章同样综合了多个热点,包括干细胞、外泌体、小分子 RNA 和生信分析,是一篇非常适合学习的参考文献。
这篇是 2019 年发表在Molecular Therapy Nucleic Acids(IF:5.919)上题为《Bone Marrow Mesenchymal Stem Cell-Derived Exosomal MicroRNA-126-3p Inhibits Pancreatic Cancer Development by Targeting ADAM9》的文章。
研究背景
主要交待了几个方面的内容:
胰腺癌的背景
骨髓间充质干细胞 (BMSCs) 在胰腺癌治疗中的潜力;
BMSCs 来源的外泌体携带的 miRNA 在肿瘤中的作用;
miR- 126 – 3p 在肿瘤中的作用;
本研究的目的主要是研究 BMSCs 来源外泌体携带的 miR- 126 – 3p 在胰腺癌中的作用。
研究方法
作者首先是进行了 GEO 数据库挖掘筛选差异基因,利用 miRNA 靶基因预测网站预测靶基因。
然后在体外培养了胰腺癌细胞,并收集了 28 个胰腺癌患者的组织和 32 个胰腺炎患者的组织样本。通过质粒慢病毒转染胰腺癌细胞分别过表达或沉默 miR-126-3p、沉默 ADAM9,用双荧光素酶报告试验验证 miR-126-3p 和 ADAM9 的关系,做了 Edu 染色和 Transwell 迁移试验检测胰腺癌细胞的增殖、迁移和侵袭。
在体外培养 BMSCs,提取外泌体并进行电镜观察、NTA 分析和乙酰胆碱酯酶活性检测(AChE)。将胰腺癌细胞和 BMSCs 共培养,共聚焦显微镜观察,PCR 和 Western-blot 检测相关 RNA 和蛋白表达。
最后做了动物实验,进行 BMSCs 裸鼠体内移植。
研究结果
1. 生信数据挖掘发现 ADAM9 是 miR-126-3p 的靶基因

主要是分析了 GEO 数据库中的胰腺癌基因表达谱,做了韦恩图,用 R 软件 limma 包分析得到了 GEO 样本共有的差异表达基因 ADAM9, 然后通过 5 个 miRNA 靶基因预测网站(TargetScan , miRSearch, miRTarBase, miRWalk ,mirDIP;这几个网站的网址文中都作了注明)预测了 miRNA 的靶基因,发现 ADAM9 是 miR- 126 – 3p 的靶基因,用了 GEPIA 平台分析 ADAM9 基因表达和胰腺癌患者生存率之间的相关性
2. 胰腺癌组织中 miR- 126 – 3p 的表达是下降的。
主要是用 PCR 检测了胰腺癌细胞和组织中 miR- 126 – 3p 的表达。

3. 过表达 miR- 126 – 3p 能抑制胰腺癌细胞的增殖、迁移和侵袭,促进代谢。
这里面主要是分了 4 个组,miR-126-3p 过表达组和对照组、miR-126 -3p 沉默组和对照组,Edu 检测增殖、Transwell 试验检测迁移和侵袭, 流式细胞术检测凋亡率。





结果总结
本研究表明,BMSCs 来源的外泌体可以通过传递 miR-126-3p 靶向抑制 ADAM9 的表达,从而抑制胰腺癌的进展。
从这篇文章来看,重点要学习的几个点:
1. 生信数据挖掘分析
GEO 数据挖掘找差异基因,韦恩图制作,limma R 包分析差异基因,5 个 miRNA 靶基因预测网站。
2. 双荧光素酶报告试验
确定 miRNA 和预测的靶基因之间的直接关系
3. 细胞共培养技术
BMSCs 与疾病细胞的共培养
4. 外泌体释放抑制的方法,可以用抑制剂 GW4869 抑制细胞外泌体的释放。
5. 外泌体传递 miRNA 的研究套路
BMSCs 中的 miRNA 沉默与过表达,目的细胞靶基因的转染沉默。
6. 机制模式图的绘制
一张图总结研究结果,可以给你的文章加分很多。
另外,这篇文章如果凝练成基金课题,可以用下面的题目:
BMSCs 外泌体传递 miR- 126 – 3p 靶向调控 ADAM9 抑制胰腺癌进展的机制研究
如果想做大一点可以把 ADAM9 去掉,变成下面的题目:
BMSCs 外泌体传递 miR- 126 – 3p 抑制胰腺癌进展的机制研究
1-5分生信分析方案
扫码即刻咨询,预定
请关注“恒诺新知”微信公众号,感谢“R语言“,”数据那些事儿“,”老俊俊的生信笔记“,”冷🈚️思“,“珞珈R”,“生信星球”的支持!