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      • 从IMGT数据库下载免疫组库相关fasta序列

      从IMGT数据库下载免疫组库相关fasta序列

      • 发布者 生信0~o-o
      • 分类 未分类
      • 日期 2020年5月19日
      • 评论 0评论

      转自  生信技能树

      BCR有IGH,IGK,IGL这3类,而TCR有TRA,TRB,TRD,TRG,它们各自都有V,D(可选),J,C基因,这么多基因的序列都是可以直接下载的。都是在:http://www.imgt.org/vquest/refseqh.html#VQUEST首先是多个物种的BCR的IGH,IGK,IGL这3类的V,D(可选),J基因:

      然后是多个物种的TCR的TRA,TRB,TRD,TRG的V,D(可选),J基因:

      人类IGH的fasta文件下载

      首先IGH是BCR的一种,有V,D,J基因,其fasta文件如下:

      mkdir ~/biosoft/igblast/imgt 
      cd  ~/biosoft/igblast/imgt 
      wget http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/IG/IGHV.fasta
      wget http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/IG/IGHD.fasta
      wget http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/IG/IGHJ.fasta

      简单统计是:

      IGHD.fasta:44,37
      IGHJ.fasta:13,6
      IGHV.fasta:402,106

      http://www.imgt.org/IMGTrepertoire/LocusGenes/genetable/human/geneNumber.html数量似乎有点对不上。

      具体看

      >J00256|IGHJ1*01|Homo sapiens|F|J-REGION|723..774|52 nt|1| | | | |52+0=52| | |
      >J00256|IGHJ2*01|Homo sapiens|F|J-REGION|932..984|53 nt|2| | | | |53+0=53| | |
      >J00256|IGHJ3*01|Homo sapiens|F|J-REGION|1537..1586|50 nt|2| | | | |50+0=50| | |
      >X86355|IGHJ3*02|Homo sapiens|F|J-REGION|1107..1156|50 nt|2| | | | |50+0=50| | |
      >J00256|IGHJ4*01|Homo sapiens|F|J-REGION|1912..1959|48 nt|3| | | | |48+0=48| | |
      >X86355|IGHJ4*02|Homo sapiens|F|J-REGION|1480..1527|48 nt|3| | | | |48+0=48| | |
      >M25625|IGHJ4*03|Homo sapiens|F|J-REGION|446..493|48 nt|3| | | | |48+0=48| | |
      >J00256|IGHJ5*01|Homo sapiens|F|J-REGION|2354..2404|51 nt|3| | | | |51+0=51| | |
      >X86355|IGHJ5*02|Homo sapiens|F|J-REGION|1878..1928|51 nt|3| | | | |51+0=51| | |
      >J00256|IGHJ6*01|Homo sapiens|F|J-REGION|2947..3009|63 nt|3| | | | |63+0=63| | |
      >X86355|IGHJ6*02|Homo sapiens|F|J-REGION|2482..2543|62 nt|3| | | | |62+0=62|partial in 3'| |
      >X86356|IGHJ6*03|Homo sapiens|F|J-REGION|2482..2543|62 nt|3| | | | |62+0=62|partial in 3'| |
      >AJ879487|IGHJ6*04|Homo sapiens|F|J-REGION|39..101|63 nt|3| | | | |63+0=63| | |

      进行多序列比对,查看它们的远近关系

      比如看IGHV,就是123-129个基因,可以分成3大类和7小类:

      • clan I: IGHV1, IGHV5 and IGHV7 subgroup genes
      • clan II: IGHV2, IGHV4 and IGHV6 subgroup genes
      • clan III: IGHV3 subgroup genes

      这些基因都拥挤在狭小的染色体片段上面:All the IGHV genes are in a fully sequenced contig which comprises the following accession numbers:

      • AB019437 (200000 bp): IGHV(III)-82 to IGHV(II)-60-1
      • AB019438 (200000 bp): IGHV3-60 to IGHV4(II)-40-1
      • AB019439 (200000 bp): IGHV7-40 to IGHV3-21
      • AB019440 (200000 bp): IGHV(II)-20-1 to IGHV2-5
      • AB019441 (157090 bp): IGHV4-4 to IGHV6-1

      因为IGHV序列太多,比对起来耗费时间,我这里就举例IGHJ,如下:

      可以看到,它们不同序列的差异很微弱,都集中在开头的几个碱基,其中IGHJ6跟另外的5类差异最大。大家觉得该如何可视化上面的结果呢?

      library(Biostrings) 
      library(msa)
      library(ggtree)
      library(seqinr) 
      mySequences <- readDNAStringSet('IGHJ.fasta')
      mySequences
      myAlignment <- msa(mySequences)

      比如我这里可以使用msaR包:

      library(msaR) 
      msaR(AAStringSet(as.character(myAlignment)))

      看起来还挺有感觉的哦!

      比如ggtree可以读取多种格式(包括newick,nexus,NHX,jplace和phylip)的系统发育树,并结合不同类型的相关数据进行注释分析。

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