【TCGA数据挖掘】基于mclust之后的pheatmap绘图
在上一篇中我们得到了38样本基于mclust分成了两类,并且统计表格也已经出来,但是这些离赏心悦目甚至是出版的水平是远远不够的,所以就需要用热图的方法展示,作为常见的数据展示方法,热图实在是太多了,其中pheatmap算是最简单的方法了。下面就进行多组的热图展示。
要点:对于mclust之后的绘图,列是永远不要变化的。切记。
首先是准备工作
library(pheatmap)#加载R包
data=Biobase::exprs(cancerSet)#加载数据。
由于要详细的介绍参数的话会转移读者的做分析的初衷,仅仅对扩大博文有用,这里我们仅仅目的性较强的写出要用的代码,简言之只说干货,其他的不要~~~~
绘制多个分组信息
绘制多个分组信息,annotation_col和annotation_row参数同时添加行和列的注释信息
data = data[1:300,] #减少数据
colgroup = pData(cancerSet)
colgroup <- as.data.frame(colgroup)
colgroup<- colgroup[,"diseaseState"]
pheatmap(data, annotation_col = colgroup$diseaseState, filename = "plot1.png")
出来的图甲苯就是下面的亚子啦

到这里基本就完成了,虽然已经改的面目全非为己所用了,但是还是要说明一下,参考的网址以便后续查找哈。
参考网址:https://www.sohu.com/a/283377402_785442
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