• 主页
  • 课程

    关于课程

    • 课程归档
    • 成为一名讲师
    • 讲师信息
    同等学历教学

    同等学历教学

    免费
    阅读更多
  • 特色
    • 展示
    • 关于我们
    • 问答
  • 事件
  • 个性化
  • 博客
  • 联系
  • 站点资源
    有任何问题吗?
    (00) 123 456 789
    weinfoadmin@weinformatics.cn
    注册登录
    恒诺新知
    • 主页
    • 课程

      关于课程

      • 课程归档
      • 成为一名讲师
      • 讲师信息
      同等学历教学

      同等学历教学

      免费
      阅读更多
    • 特色
      • 展示
      • 关于我们
      • 问答
    • 事件
    • 个性化
    • 博客
    • 联系
    • 站点资源

      TCGA数据挖掘

      • 首页
      • 博客
      • TCGA数据挖掘
      • 【TCGA数据挖掘】基于mclust之后的pheatmap绘图

      【TCGA数据挖掘】基于mclust之后的pheatmap绘图

      • 发布者 weinfoeditor
      • 分类 TCGA数据挖掘
      • 日期 2021年9月10日
      • 评论 0评论

      在上一篇中我们得到了38样本基于mclust分成了两类,并且统计表格也已经出来,但是这些离赏心悦目甚至是出版的水平是远远不够的,所以就需要用热图的方法展示,作为常见的数据展示方法,热图实在是太多了,其中pheatmap算是最简单的方法了。下面就进行多组的热图展示。

      要点:对于mclust之后的绘图,列是永远不要变化的。切记。

      首先是准备工作

      library(pheatmap)#加载R包
      data=Biobase::exprs(cancerSet)#加载数据。

      由于要详细的介绍参数的话会转移读者的做分析的初衷,仅仅对扩大博文有用,这里我们仅仅目的性较强的写出要用的代码,简言之只说干货,其他的不要~~~~

      绘制多个分组信息

      绘制多个分组信息,annotation_col和annotation_row参数同时添加行和列的注释信息

      data = data[1:300,] #减少数据
      colgroup = pData(cancerSet)
      colgroup <- as.data.frame(colgroup)
      colgroup<- colgroup[,"diseaseState"]
      pheatmap(data, annotation_col = colgroup$diseaseState, filename = "plot1.png")

      出来的图甲苯就是下面的亚子啦

      到这里基本就完成了,虽然已经改的面目全非为己所用了,但是还是要说明一下,参考的网址以便后续查找哈。

      参考网址:https://www.sohu.com/a/283377402_785442

      R语言入群

      R语言入群

      R语言群,不知怎么的入群的人很少啊,请大家支持呐--

      请关注“恒诺新知”微信公众号,感谢“R语言“,”数据那些事儿“,”老俊俊的生信笔记“,”冷🈚️思“,“珞珈R”,“生信星球”的支持!

      • 分享:
      作者头像
      weinfoeditor

      上一篇文章

      【TCGA数据挖掘】R/mclust做Model-based clustering分析整合临床分类
      2021年9月10日

      下一篇文章

      R语言学习:长宽数据转换、研究生学习R指南、特征重要性分析、文件合并
      2021年9月10日

      你可能也喜欢

      articleheader
      【R数据挖掘】TCGA的拷贝数变异
      15 9月, 2021
      articleheader
      【RNA-seq数据分析】让你的差异基因分析变“花”
      14 9月, 2021
      articleheader
      【RNA-Seq数据转化小技巧】使用countToFPKM包轻松完成counts到FPKM转化
      13 9月, 2021

      留言 取消回复

      要发表评论,您必须先登录。

      搜索

      分类

      • R语言
      • TCGA数据挖掘
      • 单细胞RNA-seq测序
      • 在线会议直播预告与回放
      • 数据分析那些事儿分类
      • 未分类
      • 生信星球
      • 老俊俊的生信笔记

      投稿培训

      免费

      alphafold2培训

      免费

      群晖配置培训

      免费

      最新博文

      Nature | 单细胞技术揭示衰老细胞与肌肉再生
      301月2023
      lncRNA和miRNA生信分析系列讲座免费视频课和课件资源包,干货满满
      301月2023
      如何快速批量修改 Git 提交记录中的用户信息
      261月2023
      logo-eduma-the-best-lms-wordpress-theme

      (00) 123 456 789

      weinfoadmin@weinformatics.cn

      恒诺新知

      • 关于我们
      • 博客
      • 联系
      • 成为一名讲师

      链接

      • 课程
      • 事件
      • 展示
      • 问答

      支持

      • 文档
      • 论坛
      • 语言包
      • 发行状态

      推荐

      • iHub汉语代码托管
      • iLAB耗材管理
      • WooCommerce
      • 丁香园论坛

      weinformatics 即 恒诺新知。ICP备案号:粤ICP备19129767号

      • 关于我们
      • 博客
      • 联系
      • 成为一名讲师

      要成为一名讲师吗?

      加入数以千计的演讲者获得100%课时费!

      现在开始

      用你的站点账户登录

      忘记密码?

      还不是会员? 现在注册

      注册新帐户

      已经拥有注册账户? 现在登录

      close
      会员购买 你还没有登录,请先登录
      • ¥99 VIP-1个月
      • ¥199 VIP-半年
      • ¥299 VIP-1年
      在线支付 激活码

      立即支付
      支付宝
      微信支付
      请使用 支付宝 或 微信 扫码支付
      登录
      注册|忘记密码?