【TCGA数据挖掘】基于mclust之后的pheatmap绘图

在上一篇中我们得到了38样本基于mclust分成了两类，并且统计表格也已经出来，但是这些离赏心悦目甚至是出版的水平是远远不够的，所以就需要用热图的方法展示，作为常见的数据展示方法，热图实在是太多了，其中pheatmap算是最简单的方法了。下面就进行多组的热图展示。

要点：对于mclust之后的绘图，列是永远不要变化的。切记。

首先是准备工作

library(pheatmap)#加载R包
data=Biobase::exprs(cancerSet)#加载数据。

由于要详细的介绍参数的话会转移读者的做分析的初衷，仅仅对扩大博文有用，这里我们仅仅目的性较强的写出要用的代码，简言之只说干货，其他的不要～～～～

绘制多个分组信息

绘制多个分组信息，annotation_col和annotation_row参数同时添加行和列的注释信息

data = data[1:300,] #减少数据
colgroup = pData(cancerSet)
colgroup <- as.data.frame(colgroup)
colgroup<- colgroup[,"diseaseState"]
pheatmap(data, annotation_col = colgroup$diseaseState, filename = "plot1.png")

出来的图甲苯就是下面的亚子啦

到这里基本就完成了，虽然已经改的面目全非为己所用了，但是还是要说明一下，参考的网址以便后续查找哈。

参考网址：https://www.sohu.com/a/283377402_785442

R语言入群

R语言群，不知怎么的入群的人很少啊，请大家支持呐--