R语言绘图常见报错及解决思路

很多初学者会需要修改别人的代码来作自己的图，但是遇到报错或者意外，就会卡住了。

0.用示例数据时就报错

function没找到，一定是library的问题，所以你要查看帮助文档。找出这个包library。如果library也失败了，说明没有安装，所以回去重新安装

2.用示例数据能成功，换数据就出错

比如PCA图，示例数据是iris，自己的数据则是GEO的表达矩阵，这时就需要把表达矩阵修改成示例数据iris的格式。

iris的格式：

行名是数字，可以当作花的编号1-150，
列名是四列特征和最后一列分组信息。

表达矩阵的格式：

行名是探针名，列名是样本编号GSM。
iris的样本是花，表达矩阵的样本。。（就是样本啊），所以表达矩阵需要做两个操作：
（1）行列转置，用t（）函数
（2）加上分组信息列（我们通常命名为group_list，这是一个好几个图里都要用到的向量）
group_list是怎么生成的？看这里：
https://www.jianshu.com/p/e054a026168f
如果你的表达矩阵没有处理成这样，就一定会报错。

3.改数据格式的代码是对的，改好了也发生了报错

多半是因为你的脚本某一步没有运行，需要对前面的操作进行检查，比如报错里有xx object not found，哪个变量报错了，就要回去检查那个变量生成的命令，大的数据用dim（）检查一下是否是争取的行数和列数。

4.数据正确，代码正确，就是不出图

这说明作图的画板有问题了，需要“重启试试”。
planA：运行dev.off()，意思是关掉画板。再重新运行作图命令。
planB：如果planA不行,就dev.new()，意思是打开一个新的画板来作图。再重新运行作图命令。
其实还有第三种可能，作图不显示在Rstudio界面，可能是因为图被保存在了你的工作目录，比如热图pheatmap函数，如果给他加上filename参数，就会不显示而保存在本地。

5.原来的代码里没有保存，而我想保存这个图。

第一个方法是用右下角的Export来输出，一个是代码输出。
比如

pdf()
pheatmap::pheatmap(volcano)
dev.off()

ggplot系列图保存用ggsave()，后续会来补充。