conda新安装的软件运行报错，怎么办？

测试开头

conda新安装的软件运行报错，怎么办？今天是生信星球陪你的第794天

大神一句话，菜鸟跑半年。我不是大神，但我可以缩短你走弯路的半年~

就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~

这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！

豆豆写于2021.3.12

conda出现以后，我们安装软件就不需要再折腾了，省了大量的时间。相信看到推送的你，对于conda也不再陌生。但今天遇到一个问题，需要注意一下

安装bowtie2成功却运行失败

报错信息如下：

$ conda create -n test -c bioconda bowtie2 -y
$ conda activate test
$ bowtie2
~/.conda/envs/test/bin/bowtie2-align-s: error while loading shared libraries: libtbb.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory
(ERR): Description of arguments failed!
Exiting now ...

本来以为是安装的bowtie2版本太新，结果切换一个旧版本还是不行

然后搜索看到有人也遇到了一样的问题：
https://www.biostars.org/p/494922/

他给出的解决方案是：

$ conda install tbb=2020.2 -y
# 此时就可以正常运行
$ bowtie2 -h

安装samtools成功却运行失败

报错信息是：

samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory

在https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/issues/12100搜索的解决方案是：

conda install openssl=1.0 -y

小结

虽然现在软件安装方便了许多，但还是存在一些隐藏的bug（尤其是软件新版本）

一般可以考虑：

降低软件版本（指定安装某个稳定的版本）
搜索conda安装动态库

最后，再放上conda几个常用的操作

# 清华源：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

# 北外源：
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

# 修改为官方源:
conda config --remove-key channels
conda config --add channels r 
conda config --add channels conda-forge 
conda config --add channels bioconda

# 指定搜某个版本
conda install samtools=1.8 -y
#删除一个环境中某个软件
conda remove -n test samtools -y
#删除整个环境
conda remove  -n test --all
#或者直接 rm -rf $HOME/miniconda3/envs/test/

# conda强迫症选项（隐藏base）
conda config --set auto_activate_base False